员工自离时，工资的扣除是一个需要严格遵循劳动法律法规的问题。首先，要明确的是，员工有权获得其实际工作期间的工资，这是劳动者的基本权益，受到法律保护。
一、自离时工资的支付原则
已提供劳动的工资支付：员工在自离前已经实际提供了劳动的，用人单位应当按照双方约定或公司规定的工资计算方式，支付相应的劳动报酬。比如，员工在本月工作了若干天后自离，那么用人单位应支付其实际工作天数的工资。
不得无故克扣：根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资。这意味着，除非有合法的理由和依据，否则用人单位不能随意扣除员工的工资。
二、自离时可能扣除工资的合法情形
因自离给单位造成损失的赔偿：
- 如果员工的自离行为给用人单位造成了经济损失，如未完成工作交接导致的损失、损坏公司财物等，用人单位可以要求员工进行赔偿。
- 赔偿金额的计算应合理，且每月从工资中扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
违反竞业限制或服务期约定的违约金：
- 如果员工与用人单位签订了竞业限制协议或服务期协议，并且自离行为构成违约，那么员工需要按照协议约定向用人单位支付违约金。
- 违约金的数额应当合理，且扣除方式需符合法律规定，不能随意设定高额违约金。
三、特殊情况及注意事项
未签订劳动合同的情况：
- 如果用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与员工订立书面劳动合同的，应当向员工每月支付二倍的工资。即使员工自离，用人单位仍需按照法律规定支付相应工资及赔偿。
劳动争议的解决途径：
- 若员工与用人单位就自离后的工资扣除问题发生争议，可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或依法提起诉讼等途径解决。
用人单位的注意事项：
- 用人单位在扣除员工工资时，必须严格遵守法律规定，确保扣除的合理性和合法性。同时，应保留好相关证据，如损失证明、违约协议等，以备不时之需。
员工的建议：
- 员工在离职前应尽可能与用人单位进行充分沟通，并按照法律规定提前通知用人单位，以减少不必要的纠纷。
- 若遇到工资扣除问题，员工应及时寻求法律援助或咨询专业律师，维护自己的合法权益。
综上所述，自离时工资的扣除需遵循法律法规和公司政策，确保合法合理。用人单位和员工都应了解自己的权益和义务，以便在离职过程中维护各自的合法权益。