结论前置：

1. 旷工扣三天工资又扣全勤的做法，在大多数情况下是不合法的。它违反了我国《劳动法》、《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》中的相关规定，且从法理角度也显得不公平合理。
2. 全勤奖的扣除需依据公司规章制度，且该制度需合法合理。如果规章制度中明确规定了旷工将扣除全勤奖，并且该制度经过了民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定，那么全勤奖的扣除可能是合法的。但即便如此，旷工扣三天工资的做法仍然是不合法的。

详细分析：

一、旷工扣三天工资的不合法性

1. 法律依据：

   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》，劳动者享有取得劳动报酬的权利。工资是劳动者通过劳动所应获得的报酬，用人单位应当按月以货币形式支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。
   • 《工资支付暂行规定》第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且扣除部分不得超过月工资的20%，并需保障剩余工资不低于当地最低工资标准。旷工一天并不直接等同于造成经济损失，因此直接扣三天工资缺乏法律依据。

2. 法理角度：

   • 从公平合理原则出发，旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对缺勤行为的回应。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，损害了劳动者的合法权益，破坏了劳动关系的和谐稳定。

3. 规章制度的有效性：

   • 尽管某些用人单位的规章制度中可能规定了“旷工一天扣三天工资”的条款，但这并不意味着该条款必然合法有效。规章制度的制定需通过民主程序，内容不得违反法律法规，且必须向劳动者公示或告知。即使满足这些条件，司法实践中也可能因过度惩罚而被视为不合理。

二、全勤奖的扣除

1. 全勤奖的性质：

   • 全勤奖是用人单位为了鼓励员工出勤而设立的一种奖励制度。它通常与员工的出勤情况挂钩，如果员工在特定期间内没有旷工、迟到、早退等行为，就可以获得全勤奖。

2. 全勤奖的扣除依据：

   • 全勤奖的扣除需依据公司规章制度。如果规章制度中明确规定了旷工将扣除全勤奖，并且该制度经过了民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定，那么全勤奖的扣除可能是合法的。
   • 但需要注意的是，即使全勤奖的扣除是合法的，旷工扣三天工资的做法仍然是不合法的。两者不能混为一谈。

三、劳动者的应对措施

• 面对不合理的克扣工资或全勤奖行为，劳动者首先应与用人单位协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。

综合建议：

• 用人单位在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工，以维护劳动关系的和谐稳定。
• 劳动者在遇到类似纠纷时，应咨询专业的法律人士（如我），了解自己的权益并采取适当的法律措施来维权。
• 无论是用人单位还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。