协议做司法公证时，协议的内容可以由协议双方自行撰写，也可以委托司法公证机构或其他专业人士（如律师）撰写，但最终提交给公证机构进行公证的协议文本需要是确定且双方认可的版本。以下从不同角度为你详细分析：
自行撰写协议的情况
- 自主性与灵活性：协议双方可以根据自身的需求和意愿，自由地拟定协议条款，包括协议的目的、双方的权利义务、违约责任等。这种方式具有较大的自主性和灵活性，能够充分体现双方的合意。
- 成本考虑：自行撰写协议无需支付额外的撰写费用，对于一些简单、明确的协议，这种方式可能更为经济。
- 注意事项：
- 法律合规性：自行撰写的协议必须符合法律法规的规定，不得违反法律强制性规定或公序良俗。否则，协议可能被认定为无效。
- 条款明确性：协议条款应当明确、具体，避免使用模糊、歧义的表述。否则，在履行过程中可能产生争议。
- 公证准备：在提交给公证机构进行公证前，双方应当对协议内容进行仔细审查，确保协议的真实性、合法性和有效性。
委托司法公证机构或其他专业人士撰写协议的情况
- 专业性：司法公证机构或其他专业人士（如律师）具有丰富的法律知识和实践经验，能够撰写出更加专业、规范的协议文本。这有助于减少协议中的法律漏洞和风险。
- 保障权益：专业人士在撰写协议时，会充分考虑双方的权益平衡，确保协议条款的公平性和合理性。这有助于保护双方的合法权益，避免在履行过程中产生不必要的纠纷。
- 公证流程：如果委托司法公证机构撰写协议，公证机构在撰写过程中会遵循严格的法律程序和规范，确保协议的真实性、合法性和有效性。同时，公证机构还可以为协议提供公证服务，增强协议的证明力和执行力。
- 成本考虑：委托专业人士撰写协议需要支付一定的撰写费用，这可能会增加协议的成本。但是，考虑到专业人士能够提供的专业服务和保障，这种成本通常是值得的。
实际操作建议
- 对于简单、明确的协议：如果双方对协议内容有清晰的认识和明确的约定，且协议不涉及复杂的法律问题，可以考虑自行撰写协议。但是，在撰写过程中应当注意法律合规性和条款明确性。
- 对于复杂、重要的协议：如果协议涉及复杂的法律问题或双方的权益关系较为复杂，建议委托司法公证机构或其他专业人士撰写协议。这有助于确保协议的专业性、规范性和有效性。
- 公证前的审查：无论协议是自行撰写还是委托专业人士撰写，在提交给公证机构进行公证前，双方都应当对协议内容进行仔细审查。确保协议的真实性、合法性和有效性，并避免在公证过程中产生不必要的麻烦和延误。
如果你在协议撰写或公证过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况和需求，为你提供专业、全面的法律服务。