您好，关于双方签订的协议如何进行司法公证的问题，我可以为您详细解答。
首先，进行司法公证需要准备一系列必要的文件资料。这些资料主要包括：
个人身份证明：双方当事人需要提供有效的身份证件以及户籍薄册，以证明各自的身份。
财产所有权证明：如果协议中涉及财产分配或转让，那么需要提供相关的财产所有权证明文件，如房产证、尚未取得产权证的房屋购买合同以及已支付款项的发票凭证等。
双方已拟定的协议书：这是公证的核心文件，应详细涵盖当事人的基本信息（如姓名、性别、职业、居住地址等）、财产的具体情况（如品名、数量、价值、状态、归属权等）以及针对财产的使用、维护、处置等方面的原则性规定。在签署这份协议书时，双方当事人的签名和订立协议的具体日期可以暂时留白，待公证员对协议内容进行详细审查和修订之后，再由双方在公证员面前正式签署。
接下来，按照以下步骤进行司法公证：
共同前往公证机构：双方当事人务必共同亲自前往公证机构，向公证员提交公证申请，并认真填写公证申请表。
公证员审查：公证员将对财产协议的具体内容进行深入审查，核实财产的权利证明文件，并询问当事人在订立协议过程中是否存在受骗或误解的情况。当事人应当诚实地回答公证员的问题。
法律告知与笔录制作：公证员会履行必要的法律告知义务，明确告知当事人在签订财产协议后所需要承担的法律责任和可能产生的法律后果。在公证员完成公证笔录的制作后，当事人应当积极配合，在笔录上签字确认。
正式签署协议：最终，双方当事人应当在公证员的见证下，在协议书上郑重签署自己的名字。
此外，根据《中华人民共和国公证法》的相关规定，自然人、法人或者其他组织申请办理公证，可以向住所地、经常居住地、行为地或者事实发生地的公证机构提出。如果申请办理涉及不动产的公证，应当向不动产所在地的公证机构提出。
希望以上解答能够帮助您清晰地了解双方签订的协议如何进行司法公证的流程。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。