行政机关程序违法与程序瑕疵的核心区别在于程序错误的性质、对实体结果及当事人权益的影响程度，以及法律后果的不同。以下从多个角度进行详细分析：

一、定义与性质

1. 行政程序违法：

   • 定义：行政机关在实施行政行为时，严重违反了法律规定的程序要求，导致行政行为存在根本性缺陷。
   • 性质：属于根本性程序错误，可能改变实体结论的合法性，侵害当事人的法定权利（如知情权、参与权）。

2. 程序瑕疵：

   • 定义：行政行为存在轻微的程序不规范，但不影响实体结果和当事人权益。
   • 性质：属于非实质性程序问题，通常可通过补正修复，不影响行为效力。

二、具体表现形式

1. 行政程序违法：

   • 方式违法：如未采用法律规定的书面形式作出行政许可决定。
   • 步骤违法：如行政处罚中未进行调查取证直接作出处罚决定。
   • 顺序违法：如先征收后公告，违反法定先后顺序。
   • 期限违法：如超出行政许可的二十日决定期限。
   • 管辖违法：如超越管辖权限受理案件。
   • 证据取得违法：如以非法手段收集证据。
   • 其他情形：如未告知当事人听证权利，剥夺其法定程序权利。

2. 程序瑕疵：

   • 文书制作不规范：如错别字、语法错误或信息不完整。
   • 送达时间轻微延迟：但未影响当事人行使重要权利。
   • 通知方式略有不当：但当事人实际知晓并参与了相关程序。
   • 日期笔误：如行政处罚决定书日期错误，但内容合法且已有效送达。

三、对实体结果及当事人权益的影响

1. 行政程序违法：

   • 对实体结果的影响：可能改变实体结论的合法性，导致行政行为无效或被撤销。
   • 对当事人权益的影响：侵害当事人的法定权利，如知情权、参与权等，可能给当事人造成损失。

2. 程序瑕疵：

   • 对实体结果的影响：不影响实体结果的正确性，行政行为仍具有法律效力。
   • 对当事人权益的影响：未实际损害当事人权益，或损害轻微且可通过补正修复。

四、法律后果与处理方式

1. 行政程序违法：

   • 法律后果：行政行为通常被认定为无效或被撤销。若因程序违法给当事人造成损失，行政机关需承担赔偿责任。
   • 处理方式：当事人可以依法通过行政复议、行政诉讼等途径请求撤销该行政行为。法院有权根据具体情况选择撤销或部分撤销行政行为，对于构成重大且明显违法的，还可能判决确认无效。

2. 程序瑕疵：

   • 法律后果：行政行为一般不被认定为无效，仍具有法律效力。
   • 处理方式：法院或上级行政机关可能要求行政机关补正或说明程序瑕疵。若行政机关能及时补正，行政行为通常会被维持。

五、实务操作建议

1. 行政机关：

   • 严格遵循法定程序，避免程序违法风险。
   • 对轻微瑕疵及时补正并留存记录，确保行政行为的合法性和有效性。

2. 当事人：

   • 若认为程序违法，可依法通过行政复议、行政诉讼等途径请求撤销行政行为并寻求赔偿。
   • 对程序瑕疵可要求行政机关补正，但需评估是否实质影响权益。若未实际损害权益，可考虑接受补正后的行政行为。

总结：行政机关程序违法与程序瑕疵在定义、性质、表现形式、对实体结果及当事人权益的影响、法律后果及处理方式等方面均存在显著差异。行政机关应严格遵守法定程序，确保行政行为的合法性和有效性；当事人则应关注行政程序是否合规，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。