结论：当证据原件在公司手中时，你可以通过以下步骤申请司法鉴定：先与公司协商获取原件或申请法院责令公司提交，再向有资质的鉴定机构提出鉴定申请，并按照要求提交相关材料。

具体分析：

1. 与公司协商获取原件或申请法院责令提交：

   • 协商获取：首先，你可以尝试与公司进行友好协商，说明你需要证据原件进行司法鉴定的原因和重要性，看公司是否愿意将原件提供给你或允许你进行复制、拍照等。
   • 申请法院责令提交：如果协商无果，你可以向法院提出申请，请求法院责令公司提交证据原件。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院有权要求当事人提供证据，对于拒不提供或提供虚假证据的，法院可以依法予以制裁。

2. 选择鉴定机构并提交申请：

   • 选择鉴定机构：在获取到证据原件或得到公司允许进行复制、拍照等后，你需要选择一家具有相应资质的司法鉴定机构进行鉴定。你可以通过查询相关资质、了解鉴定机构的信誉和口碑等方式来选择合适的鉴定机构。
   • 提交申请：向选定的鉴定机构提交司法鉴定申请，并附上相关证据材料（包括原件或复制件、照片等）以及鉴定申请书等文件。鉴定申请书应详细说明鉴定的目的、要求、事实和理由等。

3. 配合鉴定机构进行鉴定：

   • 提供必要协助：在鉴定过程中，你需要按照鉴定机构的要求提供必要的协助和配合，如提供补充材料、回答鉴定人员的询问等。
   • 遵守鉴定程序：你需要遵守鉴定机构的鉴定程序和规定，确保鉴定的顺利进行。

4. 获取鉴定结果并应用：

   • 获取鉴定结果：鉴定机构在完成鉴定后，会出具鉴定报告或鉴定意见书等文件，你需要及时获取这些文件。
   • 应用鉴定结果：根据鉴定结果，你可以在诉讼或仲裁等法律程序中作为证据使用，以支持你的主张或反驳对方的主张。

额外建议：

• 在整个过程中，建议你保留好所有与公司和鉴定机构的沟通记录、文件往来等证据，以备不时之需。
• 如果对鉴定结果有异议，你可以在规定的时间内向鉴定机构提出复议申请或向法院提出重新鉴定的申请。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。