公司持有两个公章并销毁其中一个，这一行为本身并不直接构成违法，但可能引发一系列法律风险和后果，具体取决于公章的来源、使用情况以及销毁的方式和程序。以下是对此问题的详细分析：
一、公章的法律意义
公章是公司对外表示意思表示的重要工具，具有法律效力。公司公章的使用和管理受到法律的严格规范，以确保公司行为的合法性和有效性。
二、持有两个公章的可能情况
- 合法持有：在某些情况下，公司可能因业务需要或管理便利而合法持有多个公章，如不同部门或分支机构使用不同的公章。但这种情况应当有明确的内部管理制度和授权程序。
- 非法持有：如果公司未经合法程序私自刻制多个公章，或者公章被非法获取、盗用，则属于非法持有。
三、销毁公章的法律后果
合法销毁：
- 如果公司合法持有多个公章，并决定销毁其中一个，应当按照公司内部管理制度和法律法规的规定进行。通常，这需要经过公司董事会或股东会的决议，并办理相关的注销手续。
- 合法销毁公章可以避免公章被滥用或盗用，从而保护公司的利益和安全。
非法销毁：
- 如果公司非法持有多个公章，并试图通过销毁其中一个来掩盖非法行为或逃避法律责任，则可能构成违法行为。
- 非法销毁公章可能涉及伪造、变造公司印章等违法行为，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能面临刑事处罚。
四、销毁公章可能引发的风险
- 合同效力问题：如果销毁的公章曾被用于签订合同或出具法律文件，而销毁行为未得到相关方的认可或未按照法定程序进行，则可能影响这些合同或文件的法律效力。
- 内部管理混乱：持有多个公章可能导致公司内部管理混乱，增加公章被滥用或盗用的风险。销毁公章时如果处理不当，也可能引发内部纠纷或法律诉讼。
- 外部信任危机：如果公司销毁公章的行为被外部合作伙伴或客户知晓，可能引发他们对公司信誉和诚信的质疑，从而影响公司的业务合作和市场形象。
五、建议
- 审查公章持有情况：公司应首先审查自身公章的持有情况，确保所有公章的刻制、使用和管理都符合法律法规和公司内部管理制度的规定。
- 合法销毁公章：如果公司决定销毁某个公章，应当按照法定程序进行，包括经过公司董事会或股东会的决议、办理注销手续等。
- 加强公章管理：公司应建立健全公章管理制度，明确公章的刻制、使用、保管和销毁等各个环节的责任和程序，以防止公章被滥用或盗用。
如有任何关于公司公章管理或法律风险的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。