核心结论：员工租房合同没有发票，可能会在财务报销、税务处理以及法律风险方面带来问题，不过可以通过补开发票、完善合同条款、留存相关证据等方式来应对，以下为你详细介绍：

财务报销层面

1. 与房东协商补开发票 如果员工租房是为了公司业务，需要报销房租费用，没有发票将无法正常入账报销。此时，员工应第一时间与房东沟通，说明情况，请求房东去税务机关代开发票。根据相关规定，个人出租住房，可向不动产所在地主管税务机关申请代开增值税发票。在协商过程中，要明确发票的抬头、税率等关键信息，确保发票符合公司财务报销要求。
2. 公司内部特殊处理（需谨慎） 若实在无法取得发票，公司可以考虑在内部制定特殊报销政策，但这种方式存在一定风险。比如，公司可以要求员工提供租房合同、付款凭证（如银行转账记录）、房东身份信息等资料，经公司财务部门和领导审批后，以其他合理方式报销，如按照一定比例报销或者以其他票据替代等。不过，这种处理方式可能会面临税务机关的审查，一旦被认定为不合规，公司可能需要补缴税款并承担相应罚款。

税务处理层面

1. 企业所得税方面 对于企业来说，房租支出是企业的一项成本费用，在计算企业所得税时，没有合法有效的发票作为凭证，这部分支出可能无法在企业所得税前扣除，从而增加企业的应纳税所得额，导致企业多缴纳企业所得税。因此，企业应尽量取得发票，以降低税务成本。如果确实无法取得发票，企业可以在年度企业所得税汇算清缴时，对该部分支出进行纳税调增处理。
2. 个人所得税方面 如果员工个人租房，且房租由公司承担，这部分房租收入对于员工来说属于个人所得税的应税所得。公司为员工承担房租，相当于向员工发放了福利，应按照“工资、薪金所得”项目代扣代缴个人所得税。即使没有发票，公司也有义务进行个税的申报和缴纳。但如果员工自己租房并自行承担房租，没有发票一般不会直接影响个人所得税的计算，但在一些地区，如果有相关的住房补贴政策，可能需要提供发票来享受相应的税收优惠。

法律风险层面

1. 合同效力不受影响 租房合同没有发票并不影响合同本身的法律效力。只要租房合同是双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，合同就是有效的。双方应按照合同约定履行各自的义务，如房东提供符合要求的房屋，员工按时支付房租等。
2. 潜在纠纷处理 如果在租房过程中发生纠纷，如房屋质量问题、租金争议等，没有发票可能会在维权时带来一定困难。例如，在证明租金支付情况时，如果没有发票，仅依靠转账记录等证据，可能在证明力上存在一定不足。因此，员工在租房时，除了尽量取得发票外，还应妥善保存租房合同、付款凭证、沟通记录等相关证据，以便在发生纠纷时能够更好地维护自己的合法权益。