公示期结束后发现公司有问题，仍然可以进行申诉，但具体途径和可行性需根据问题的性质及法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司设立或变更登记中的问题：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关登记管理条例，如果公司在设立或变更登记时存在虚假材料、隐瞒重要事实等违法行为，利害关系人可以在知道或应当知道该事实之日起一定期限内（通常为60日，但具体可能因地区和具体规定而异）向登记机关提出异议或申请撤销登记。
   • 申诉途径：即使公示期已结束，如果发现公司设立或变更登记中存在问题，仍可以向公司登记机关（如市场监督管理局）提出书面申请，要求撤销相关登记或进行更正。登记机关将依法进行调查，并根据调查结果作出相应处理。

2. 公司运营中的违法行为：

   • 法律依据：对于公司运营中的违法行为，如财务造假、偷税漏税、环境污染等，相关法律法规（如《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国环境保护法》等）均规定了相应的处罚措施和举报机制。
   • 申诉途径：发现公司存在违法行为时，可以向相关监管部门（如税务局、环保局等）进行举报或投诉。这些部门将依法进行调查，并根据调查结果对公司进行处罚或采取其他措施。

3. 股东权益受损：

   • 法律依据：如果公司的问题导致股东权益受损，如公司决策违反法律法规或公司章程、大股东滥用权利损害小股东利益等，股东可以根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释的规定，向法院提起诉讼，要求公司或相关责任人承担赔偿责任。
   • 申诉途径：股东可以准备相关证据材料，向有管辖权的法院提起民事诉讼。法院将依法审理案件，并根据事实和法律规定作出判决。

4. 合同纠纷或经济纠纷：

   • 法律依据：如果公司的问题涉及合同纠纷或经济纠纷，如公司未履行合同义务、拖欠货款等，相关当事人可以根据《中华人民共和国合同法》（现为《中华人民共和国民法典》合同编）及相关司法解释的规定，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
   • 申诉途径：当事人可以首先尝试与公司进行协商或调解；如果协商或调解无果，可以根据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；如果没有仲裁条款或仲裁协议，则可以直接向法院提起诉讼。

建议：

• 在发现公司有问题后，应尽快收集相关证据材料，以便在申诉或诉讼过程中证明自己的主张。
• 根据问题的性质选择合适的申诉途径和机构，确保申诉或诉讼的有效性和针对性。
• 如果对法律程序或相关规定不熟悉，建议咨询专业律师以获取更详细的法律指导和帮助。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。