结论：在集体厂房转让给个人但房产证无法转让的情况下，可通过签订严谨的转让协议、办理厂房的抵押登记、进行厂房的租赁备案登记以及寻求行政救济或司法救济等法律手段来保障权益。以下为详细说明：

1. 签订严谨的转让协议

   • 明确双方权利义务：在转让协议中，详细且明确地规定集体厂房转让的具体条款，包括转让的范围（如厂房的建筑面积、附属设施等）、转让价格及支付方式、转让的时间节点等。同时，明确双方在转让过程中的权利和义务，例如出让方有义务协助受让方办理相关手续，受让方有义务按照约定支付转让款等。
   • 设定违约责任：为确保协议的履行，应设定详细的违约责任条款。如果出让方未能按照协议约定协助受让方办理房产证转让或其他相关手续，或者受让方未能按时支付转让款，应明确规定违约方需要承担的赔偿责任，如支付一定比例的违约金、赔偿对方因此遭受的直接和间接损失等。
   • 约定争议解决方式：在协议中明确约定双方在履行协议过程中发生争议的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。选择仲裁方式时，要明确仲裁机构；选择诉讼方式时，要明确管辖法院，以便在发生争议时能够及时、有效地解决。

2. 办理厂房的抵押登记（如有债权关系）

   • 保障债权实现：如果个人受让集体厂房是基于一定的债权关系，例如个人向集体组织提供了借款用于厂房建设或改造，在房产证无法转让的情况下，可以要求集体组织将厂房抵押给个人。通过办理抵押登记，个人作为抵押权人，在集体组织不履行债务时，有权依法以该厂房折价或者以拍卖、变卖该厂房的价款优先受偿，从而保障自己的债权得到实现。
   • 对抗第三人：抵押登记具有公示公信效力，办理抵押登记后，可以对抗第三人对该厂房的主张权利。即使集体组织将厂房再次转让或设定其他权利负担，个人作为抵押权人的权益仍然受到法律保护。

3. 进行厂房的租赁备案登记（以租赁形式保障使用权益）

   • 确立租赁关系合法性：如果房产证无法转让，双方可以签订厂房租赁合同，将厂房以租赁的形式交付给个人使用。为了确保租赁关系的合法性和有效性，应及时到相关部门办理租赁备案登记手续。租赁备案登记可以证明个人作为承租人对厂房的合法使用权益，避免集体组织或其他第三方对厂房的使用权提出异议。
   • 保障租赁权益：在租赁合同中，明确租赁期限、租金支付方式、租赁用途、维修责任等重要条款。同时，可以约定在租赁期间内，如果集体组织能够办理房产证转让手续，应优先转让给个人承租方。此外，还可以约定在租赁期满后，个人承租方在同等条件下享有优先续租或购买厂房的权利。

4. 寻求行政救济或司法救济

   • 行政救济：如果房产证不能转让是由于相关行政部门的行政行为或行政不作为导致的，个人可以向相关行政部门提出申诉、复议或举报。例如，如果是因为规划调整、土地性质变更等原因导致无法办理房产证转让，个人可以要求行政部门说明情况，并寻求解决方案。行政部门有义务对个人的申请进行审查和处理，并在法定期限内给予答复。
   • 司法救济：如果通过协商、行政救济等方式无法解决问题，个人可以向人民法院提起诉讼。根据具体情况，可以选择提起行政诉讼或民事诉讼。如果认为行政部门的行政行为侵犯了自己的合法权益，可以提起行政诉讼，要求法院撤销或变更该行政行为；如果是与集体组织之间因厂房转让产生纠纷，可以提起民事诉讼，要求集体组织履行转让义务或承担违约责任等。

在实际操作中，建议你根据具体情况选择合适的法律手段，并在必要时咨询专业法律人士，以确保自身权益得到充分保障。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，欢迎随时向我咨询。