结论：防水工程验收合格后，一般情况下不能以质量存在问题拒绝支付工程款，但也存在例外情况。以下从不同角度为你详细分析：

正常情况：验收合格后应支付工程款

1. 验收合格的法律意义 在建设工程领域，验收合格是一个重要的节点。当防水工程经过验收并合格，这意味着该工程在质量、功能等方面达到了合同约定的标准以及相关法律法规的要求。从合同履行的角度来看，承包人已经按照合同约定完成了自己的主要义务，即交付了符合质量要求的工程成果。 例如，甲乙双方签订了一份防水工程施工合同，合同中明确规定了防水工程的质量标准、验收程序等条款。在工程完工后，按照合同约定的验收程序进行了验收，并且验收结果为合格。此时，从合同履行的基本原则出发，发包人应当按照合同约定支付相应的工程款。
2. 相关法律规定 根据《中华人民共和国民法典》中关于建设工程合同的规定，建设工程竣工经验收合格后，发包人应当按照约定支付价款。这是法律对发包人支付工程款义务的明确规定，旨在保障承包人的合法权益，促进建设工程的顺利进行。如果发包人在工程验收合格后无正当理由拒绝支付工程款，将构成违约行为，需要承担相应的违约责任。

例外情况：存在质量问题可拒付或部分拒付工程款

1. 验收时未发现但实际存在的质量问题 虽然工程已经验收合格，但如果在验收过程中由于各种原因（如检测手段有限、隐蔽工程难以发现等）未能发现一些质量问题，而在后续使用过程中这些问题逐渐暴露出来，且这些问题严重影响工程的使用功能或安全性能，那么发包人可能有权拒绝支付工程款或要求减少支付相应的工程款。 例如，在防水工程验收时，由于当时的气候条件等因素，未能发现防水层存在潜在的渗漏隐患。在工程交付使用后不久，出现了严重的渗漏问题，导致建筑物内部受到损坏。在这种情况下，发包人可以主张承包人承担质量责任，并可能拒绝支付部分或全部工程款，具体取决于质量问题的严重程度以及对工程整体价值的影响。
2. 承包人存在欺诈行为 如果承包人在施工过程中存在欺诈行为，例如使用不合格的材料、虚假报告施工进度等，导致工程表面上验收合格，但实际上存在严重的质量问题，发包人在发现后也有权拒绝支付工程款，并可以要求承包人承担相应的法律责任。 比如，承包人为了降低成本，使用了不符合合同约定标准的防水材料，但在验收时通过不正当手段掩盖了这一问题，使工程通过了验收。发包人在后续使用过程中发现了材料不合格的问题，此时发包人不仅可以拒绝支付工程款，还可以要求承包人赔偿因质量问题给发包人造成的损失。

法律建议

1. 对于发包人 如果在防水工程验收合格后发现质量问题，应当及时收集相关证据，如照片、视频、检测报告等，以证明质量问题的存在以及与承包人施工行为的关联性。然后，可以与承包人进行协商，要求其承担质量修复责任或减少支付工程款。如果协商不成，可以通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
2. 对于承包人 在施工过程中，要严格按照合同约定的质量标准和施工规范进行施工，确保工程质量。在工程验收时，要积极配合发包人进行验收工作，提供真实、准确的施工资料和检测报告。如果发包人以质量问题为由拒绝支付工程款，承包人可以要求发包人提供相应的证据，如果发包人无法提供充分证据证明质量问题与承包人有关，承包人可以通过法律途径维护自己的合法权益，要求发包人支付工程款及逾期付款的利息等。

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