结论：在货物买卖合同纠纷中，若赔偿款直接从货款中扣除，余款是否应支付取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合同有明确约定：
- 如果合同中明确规定了赔偿款可以从货款中扣除，并且约定了扣除后的余款支付方式和时间，那么双方应当按照合同约定执行。在此情况下，余款应当按照合同约定的方式和时间支付给卖方。
合同无明确约定，但存在法定情形：
- 如果合同中没有明确约定赔偿款可以从货款中扣除，但根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，买方因卖方违约行为（如货物质量问题、交货延迟等）有权要求赔偿，并且这种赔偿可以通过扣除货款的方式实现，那么买方在扣除相应赔偿款后，应当将余款支付给卖方。但需要注意的是，买方在扣除货款前，应当确保其有权扣除，并且扣除的金额应当合理、合法。
合同无明确约定，也无法定情形：
- 如果合同中没有明确约定赔偿款可以从货款中扣除，且无法律法规明确规定买方可以扣除货款作为赔偿，那么买方无权直接扣除货款作为赔偿。在此情况下，如果买方已经扣除了货款，卖方有权要求买方支付余款，并可能要求买方承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
法律建议：
- 对于卖方而言，如果买方已经扣除了货款作为赔偿，但卖方认为扣除的金额不合理或无法律依据，卖方应当及时与买方沟通协商，要求买方支付余款。如果协商无果，卖方可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
- 对于买方而言，在扣除货款作为赔偿前，应当确保其有权扣除，并且扣除的金额应当合理、合法。如果买方无法确定其是否有权扣除或扣除的金额是否合理，建议咨询专业律师的意见，以避免因不当扣除货款而引发的法律纠纷。
可能法律后果：
- 如果买方无正当理由扣除货款作为赔偿，卖方有权要求买方支付余款，并可能要求买方承担违约责任。在极端情况下，如果买方拒不支付余款或承担违约责任，卖方可以通过法律途径强制执行，如申请法院冻结买方的银行账户、查封买方的财产等。
总之，在处理货物买卖合同纠纷中的赔偿款扣除和余款支付问题时，双方应当遵循合同约定和法律法规的规定，通过友好协商或法律途径解决纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。