保险公司在垫付医药费后，是否还会从赔偿款中扣款，这主要取决于保险合同的具体条款、事故责任以及相关法律法规的约定。以下是对这一问题的详细解答：
一、交强险的情况
在交通事故中，如果符合交强险的垫付情形（如驾驶人未取得驾驶资格、醉酒、被保险机动车被盗抢期间肇事、被保险人故意制造道路交通事故等），交强险会先行垫付抢救费用。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十五条的规定，医疗机构对交通事故中的受伤人员应当及时抢救，不得因抢救费用未及时支付而拖延救治。此后，对于交通事故中应由交强险承担赔偿责任的部分，保险公司会在责任限额范围内，对合理且必要的医药费等损失进行正常赔付。交强险的赔偿与是否垫付无直接关联，只要属于赔偿范围且未超出责任限额，就应予以赔付，不会从赔偿款中额外扣款。
二、商业险的情况
一般情况：
- 商业保险（如商业三者险等）中，垫付与赔偿是两个不同的概念。垫付通常是在紧急情况下为保障伤者得到及时救治而提前支付的费用。
- 最终的赔偿则会根据保险合同条款、事故责任认定等情况，对符合约定的医药费进行核算并赔付。只要事故损失在商业险的责任限额内且属于保险责任范围，扣除免赔额等应扣减的部分后，保险公司会进行相应赔偿。这意味着，在一般情况下，保险公司不会从赔偿款中额外扣款，而是会按照合同约定进行赔付。
特殊约定：
- 部分商业保险合同可能包含特别约定，如垫付费用已涵盖合同约定的赔偿范围或达到赔偿限额，则后续可能不再进行额外赔偿。
- 因此，在具体案件中，需要仔细审查保险合同条款，以确定是否存在这样的特殊约定。
车险三者险：
- 车险三者险在垫付医药费方面需满足一定条件，即交警定责后明确为有责，且有责方无法承担医疗费用时，方可申请保险公司用三者险进行垫付。
- 未经交警认定责任前，保险公司不会垫付医药费。垫付时，保险公司通常只垫付合理且必要的、在保障范围和限额内的相关医疗费用。这同样意味着，在符合条件的情况下，保险公司不会从赔偿款中额外扣款。
三、注意事项
- 审核垫付费用：保险公司会对垫付的医药费进行审核，确认其是否属于保险赔偿范围，包括判断受伤原因是否在保险责任范围内以及费用的合理性等。
- 收集相关材料：为核实垫付医药费的真实性和必要性，保险公司会收集医疗证明、费用清单等资料。
- 计算赔偿金额：保险公司会依据保险条款和相关法律法规计算赔偿金额，通常以实际垫付的医药费为基础，扣除免赔额或按一定比例赔付。这一过程中，保险公司会确保赔偿的公正性和合理性，不会无故从赔偿款中扣款。
- 支付赔偿款项：赔偿款项会支付给垫付医药费的一方，如医疗机构或伤者本人，确保赔偿的及时性和准确性。
综上所述，保险公司在垫付医药费后，通常会根据保险合同和相关法律法规的约定进行后续赔偿，而不会从赔偿款中额外扣款。但具体赔偿情况需综合考虑合同条款、事故责任及法律规定等多个因素来确定。因此，在处理此类问题时，建议仔细审查保险合同条款，并咨询专业律师或保险顾问的意见。