在犯罪单位更名的情况下，一般应以更名后的单位为被告进行诉讼。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律背景与原则
根据《中华人民共和国刑法》第三十条和第三十一条的规定，公司、企业、事业单位、机关、团体等单位可以成为犯罪主体，当单位犯罪时，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。在单位更名的情况下，其法律责任并不会因为名称的变更而消失或转移。更名后的单位仍然需要承担原单位在更名前所应承担的法律责任，包括刑事责任。
二、具体处理方式
确定被告：
- 在单位更名后，如果涉及刑事诉讼，一般应以更名后的单位为被告。因为更名后的单位在法律上继承了原单位的权利和义务，包括承担刑事责任。
- 如果更名后的单位能够证明其与原单位在法律上完全独立，且原单位的犯罪行为与其无关，那么可能需要根据具体情况来确定被告。但在实践中，这种情况较为少见，因为单位更名通常不会改变其法律主体的连续性。
诉讼程序：
- 在诉讼过程中，法院会审查更名后的单位与原单位之间的关系，以及更名是否影响了单位的法律责任。
- 如果法院认定更名后的单位需要承担原单位的刑事责任，那么将依法对更名后的单位进行审判，并作出相应的判决。
法律责任承担：
- 更名后的单位在承担刑事责任时，可能需要缴纳罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。
- 如果更名后的单位无法承担全部法律责任，法院可能会根据具体情况，对原单位的相关责任人员进行追责。
三、特殊情况考虑
- 单位分立或合并：如果单位在更名过程中发生了分立或合并，那么情况可能会更加复杂。在这种情况下，需要根据分立或合并的具体情况，以及相关法律法规的规定，来确定被告和法律责任承担。
- 证据收集与证明：在诉讼过程中，收集和证明更名后的单位与原单位之间的关系，以及更名是否影响了单位的法律责任，是至关重要的。这可能需要借助专业的法律知识和证据收集技巧。
四、建议与注意事项
- 及时咨询专业律师：在处理涉及单位更名的刑事案件时，建议及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和诉讼策略。
- 保留相关证据：在单位更名过程中，应妥善保留与更名相关的所有文件和证据，以便在诉讼过程中使用。
- 关注诉讼进展：在诉讼过程中，应密切关注案件的进展情况，及时与法院和律师沟通，以确保自身权益得到保障。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和诉讼策略。