针对“不受公司虚假登记影响的自然人提出撤销申请，是否需要告知其不受理”的问题，结论如下：
若申请符合法定受理条件，则应当受理并告知受理结果，而非不受理：
- 根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》及相关实施细则，如果自然人提出的撤销公司虚假登记的申请符合法定条件，如提供了充分的证据证明登记信息虚假、申请主体适格等，登记机关应当依法受理，并在规定时间内作出处理决定，同时告知申请人受理结果及后续处理流程。
若申请不符合法定受理条件，则应当明确告知不受理的原因：
- 如果自然人提出的撤销申请因不符合法定条件（如证据不足、申请主体不适格、超过法定申请时效等）而不被受理，登记机关应当出具书面不予受理通知书，并明确说明不予受理的具体原因。这是为了保障申请人的知情权，使其了解申请未被受理的具体缘由，从而有权采取进一步的法律措施，如补充证据后重新申请或提起行政诉讼等。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如登记机关认为需要进一步调查核实相关情况，或者申请涉及复杂法律问题需要专家咨询等，可能会暂时不作出受理或不受理的决定，而是先进行初步审查或调查。在这种情况下，登记机关也应当及时告知申请人当前的处理状态及预计的处理时间，以避免申请人因长时间等待而产生不必要的困扰。
法律背景与建议：
- 法律背景：公司虚假登记不仅损害了公司、股东、债权人的合法权益，也破坏了市场秩序和公平竞争环境。因此，法律赋予了相关自然人提出撤销虚假登记申请的权利，并规定了登记机关的受理、审查、决定等程序，以确保撤销申请的合法性和有效性。
- 建议：对于不受公司虚假登记影响的自然人而言，如果发现公司存在虚假登记情况并希望提出撤销申请，应当首先收集充分的证据证明登记信息虚假，并了解相关法律法规及申请流程。在提交申请时，务必确保申请材料的完整性和真实性。如果申请被不予受理，应当及时了解不予受理的原因，并根据原因采取相应的法律措施。
可能法律后果：
- 如果登记机关未依法受理或处理撤销申请，或者未依法告知受理结果或不受理原因，申请人有权依法提起行政诉讼或申请行政复议，以维护自己的合法权益。同时，登记机关及其工作人员也可能因违法行政而承担相应的法律责任。
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