结论：机票付款突然变价，客服称有弹窗，这一行为是否合法，需根据具体情况判断，但商家单方面变更价格且未提前明确告知消费者的行为，通常涉嫌违法。以下从不同角度详细分析：

一、法律背景与原则

1. 《消费者权益保护法》的相关规定：

   • 根据《消费者权益保护法》，消费者享有知悉其购买、使用的商品或者接受的服务的真实情况的权利，这包括价格信息。
   • 商家在提供商品或服务时，应当遵循公平、诚实信用的原则，不得设定不公平、不合理的交易条件，不得强制交易。

2. 合同法的原则：

   • 合同的订立应当遵循平等、自愿、公平、诚实信用的原则。
   • 商家单方面变更价格，且未在合同订立前明确告知消费者，可能构成对合同公平原则的违反。

二、具体行为分析

1. 弹窗提示的合法性：

   • 如果商家在消费者购买机票前，通过弹窗等方式明确告知了价格可能变动的情况，并且消费者在知情的情况下同意购买，那么这种行为可能是合法的。
   • 但如果弹窗提示模糊、不清晰，或者消费者在购买过程中并未注意到弹窗提示，那么商家单方面变更价格的行为就可能涉嫌违法。

2. 价格变动的合理性：

   • 商家变更价格应当有合理的理由，如市场供需变化、成本上升等。
   • 如果商家无正当理由单方面变更价格，且未提前告知消费者，那么这种行为就可能构成对消费者权益的侵害。

三、可能的法律后果

1. 消费者权益保护：

   • 如果商家单方面变更价格且未提前告知消费者，消费者有权要求商家按照原价履行合同，或者要求商家承担违约责任。
   • 消费者还可以向消费者协会或者有关行政部门投诉，维护自己的合法权益。

2. 商家的法律责任：

   • 商家如果违反《消费者权益保护法》或者合同法的相关规定，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
   • 在严重的情况下，商家还可能承担民事赔偿责任，赔偿消费者因此遭受的损失。

四、建议与行动

1. 保留证据：

   • 如果你遇到了机票付款突然变价的情况，建议保留好相关证据，如购买记录、弹窗提示截图等。

2. 与商家协商：

   • 首先尝试与商家协商解决，要求商家按照原价履行合同或者承担违约责任。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果协商无果，你可以向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总结：机票付款突然变价且客服称有弹窗的行为是否合法，需根据具体情况判断。但无论如何，商家都应当遵循公平、诚实信用的原则，提前明确告知消费者价格变动的情况。如果你遇到了类似的问题，建议保留好相关证据，并尝试与商家协商解决。如果协商无果，你可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。