面对工伤申请中员工不配合的情况，公司需要采取一系列既合法又有效的措施来应对，以确保员工的合法权益得到保障，同时维护公司的正常管理秩序。以下是一些详细的建议：
一、积极沟通与解释
了解原因：首先，公司应与员工及其家属进行友好沟通，了解他们不配合的具体原因。可能是对工伤认定流程不了解，或者对公司的信任度不足，也有可能是存在其他个人顾虑。
详细解释：针对员工的顾虑，公司应详细解释工伤认定的意义、流程以及对员工权益的保障作用。比如，工伤认定后，员工可以享受医疗费用报销、停工留薪期工资等福利待遇。
承诺保障：公司应明确承诺，在工伤认定过程中会全力保障员工的合法权益，不会因工伤认定而对员工进行任何不利处理。
二、提供政策指导与协助
政策讲解：公司可以向员工提供相关的法律法规、政策文件，或者邀请专业人士进行讲解，帮助员工更好地理解工伤认定的必要性和流程。
协助办理：如果员工因手续繁琐或材料准备困难而不配合，公司应安排专人协助准备所需材料，如填写申请表、收集医疗证明等，帮助员工完成各项手续的办理。
三、保留证据并自行申请
证据保留：在与员工沟通、协助过程中，公司应注意保留好相关证据，如聊天记录、书面通知、会议纪要等。这些证据在后续可能出现的争议中将起到关键作用。
自行申请：若员工仍不配合，公司应在规定时间内自行向劳动保障行政部门提交工伤认定申请，并准备充分的申请材料。这包括员工的身份证明、劳动关系证明、工伤发生相关证据等。
四、寻求第三方调解与法律途径
第三方调解：若直接沟通效果不佳，公司可考虑引入中立的第三方机构进行调解，如劳动争议调解组织、工会等。这些机构通常具有丰富的调解经验和专业知识，能够帮助双方达成共识。
法律途径：在极端情况下，如员工的不配合行为严重影响了工伤认定的进程，公司可向工伤认定机构书面说明情况，请求其依职权调查核实。必要时，公司还可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
五、注意法律程序与合规性
在整个过程中，公司应严格遵循《工伤保险条例》及其他相关法律法规的规定，确保自身行为合法合规。同时，公司也应积极维护员工的合法权益，避免因程序不当或沟通不畅而导致不必要的法律纠纷。
六、考虑特殊情况与单位责任
对于员工可能存在的特殊情况，如误解、担心鉴定结果不利或心理抵触等，公司应耐心倾听并提供解决方案。如果员工的不配合是由于单位的不当行为或管理问题导致的，公司应首先进行自我反省和整改，以重建员工的信任。
综上所述，面对工伤申请中员工不配合的情况，公司应采取全面、细致且合法的措施来应对。通过积极沟通、提供协助、保留证据、寻求法律途径以及注意合规性和特殊情况的处理，公司既能有效保障员工的合法权益，也能维护自身的正常管理秩序和合法权益。