结论：公司对员工套取3000元的行为进行罚款的合法性需分情况讨论，具体取决于罚款依据、程序及金额合理性，直接罚款可能存在违法风险。以下从法律角度展开分析：

1. 公司罚款权的法律限制

根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位无权自行设定罚款制度，除非符合以下条件：

• 法定授权：仅在员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可要求赔偿，但需满足：
  • 损失与员工行为存在直接因果关系；
  • 赔偿金额不超过员工当月工资的20%（且扣除后不低于当地最低工资标准）。
• 规章制度合法性：若公司通过民主程序制定《员工手册》等制度，明确规定“套取资金属于严重违纪行为”，并约定相应处理措施（如解除劳动合同、追偿损失等），则可依据制度处理，但仍不得直接罚款，只能通过追偿或解除合同实现。

2. 套取3000元行为的法律定性

• 民事侵权：员工套取资金属于侵占公司财产，公司可要求返还并主张赔偿实际损失（如利息、调查费用等）。
• 刑事风险：若套取金额达到当地诈骗罪或职务侵占罪的立案标准（如职务侵占罪一般6万元起），公司可报警处理，员工可能面临刑事责任。
• 行政处罚：若套取行为涉及虚假报销等，可能违反《治安管理处罚法》，但处罚主体为公安机关，非公司。

3. 公司直接罚款的违法性

• 违反《劳动合同法》：公司无行政处罚权，直接罚款属于克扣工资，员工可依据《劳动合同法》第38条主张被迫解除劳动合同，并要求支付经济补偿金。
• 程序违法：即使公司制度规定罚款，若未通过民主程序制定、未公示或未告知员工，该制度无效。
• 金额限制：即使员工同意赔偿，每月扣除部分不得超过工资的20%，且需保留基本生活费用。

4. 合法处理建议

公司应采取以下措施维护权益：

1. 固定证据：收集套取资金的凭证（如转账记录、虚假报销单据等）。
2. 追偿损失：通过民事诉讼要求员工返还资金并赔偿损失。
3. 解除合同：若行为严重违反规章制度（如构成“严重失职、营私舞弊”），可依法解除劳动合同且无需支付补偿。
4. 报警处理：若涉嫌犯罪，及时向公安机关报案。

总结：公司无权直接对员工罚款，但可通过合法途径追偿损失或解除合同。若您需进一步分析具体证据或处理方案，可直接向我咨询。