结论前置：员工因工作失误造成公司5000元损失时，其应承担的赔偿责任并没有固定的比例，而是需综合考量劳动合同约定、规章制度、过错程度、损失大小以及单位管理情况等多方面因素。但根据《工资支付暂行规定》，赔偿金额从工资中扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

考量因素详解

1. 劳动合同与规章制度：

   • 劳动合同约定：如果双方在劳动合同中已经明确约定了因工作失误造成损失的赔偿方式和比例，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照劳动合同的约定来执行。
   • 单位规章制度：如果公司有合法制定并公示的规章制度，且规章制度中明确规定了员工因工作失误造成损失的赔偿责任，那么该规章制度也可以作为处理赔偿的依据。但需要注意的是，规章制度的内容必须合法，且制定程序必须合规。

2. 过错程度：

   • 故意：如果员工是故意造成损失，比如泄露商业机密、故意损坏公司财物等，那么员工可能需要承担较大甚至全部的赔偿责任。
   • 重大过失：如果员工存在重大过失，比如违反操作规程导致火灾、严重违反工作纪律等，那么员工也需要承担一定比例的赔偿责任。
   • 一般过失：如果员工只是由于一般疏忽或不小心造成损失，且损失较小，那么员工可能只需承担较小比例的赔偿或者不承担赔偿。

3. 损失大小：

   • 损失的大小也是确定赔偿责任的重要因素。如果损失较小，且员工的主观过错不大，那么赔偿比例可能会较低。但如果损失巨大，即使员工的主观过错较小，也可能需要承担一定数额的赔偿，但赔偿金额不会超出员工的承受能力。

4. 单位管理情况：

   • 如果用人单位本身管理不善或存在制度漏洞，导致员工失误，那么用人单位也应承担一定的责任。在这种情况下，员工的赔偿比例可能会相应降低。

赔偿金额的计算限制

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

计算公式：

• 若员工当月工资为W，则每月最多可扣除的赔偿金额为：\(W \times 20\%\)
• 若扣除后的工资低于当地月最低工资标准M，则实际支付工资为M。

实践中的常见情况

在司法实践中，员工因工作失误造成的损失赔偿比例差异较大，一般在10%-50%之间。具体比例需要根据上述因素综合判断。法院在审理此类案件时，会考虑员工的过错程度、公司的管理情况、损失的大小以及劳动合同和规章制度的约定等因素，作出合理的判决。

总结与建议

综上所述，员工因工作失误造成公司损失时，其应承担的赔偿责任并不是一成不变的，而是需要综合考虑多种因素来确定。在实际操作中，建议用人单位和劳动者在签订劳动合同时明确相关条款，同时加强内部管理，减少因工作失误导致的损失。如果遇到具体案件或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更准确的法律意见。