在生态环境行政执法过程中，若遇到被调查对象不配合调查的情况，可以采取以下措施来应对：

1. 明确告知法律义务与后果
   首先，执法人员应当向被调查对象明确告知其配合调查的法律义务，以及不配合可能面临的法律后果。这包括但不限于行政处罚、强制措施等，通过明确告知，可以增强被调查对象的法律意识，促使其主动配合调查。

2. 依法采取强制措施
   若被调查对象仍然拒绝配合，且其行为已经妨碍了执法活动的正常进行，执法人员可以依法采取必要的强制措施。这些措施可能包括查封、扣押相关证据物品，或者对妨碍执法的人员进行传唤、留置等。但需注意，强制措施的采取必须严格依法进行，确保程序合法、手段适当。

3. 申请法院强制执行
   对于拒不履行行政处罚决定或者不配合调查且情节严重的被调查对象，生态环境主管部门可以依法申请人民法院强制执行。这包括强制要求被调查对象提供相关资料、接受询问等，以确保执法活动的顺利进行。

4. 加强宣传教育，提高公众意识
   除了直接应对不配合调查的行为外，生态环境主管部门还应加强宣传教育力度，提高公众对生态环境保护的法律意识和责任感。通过普及法律知识、宣传典型案例等方式，引导公众自觉遵守法律法规，积极配合生态环境行政执法工作。

5. 完善执法机制，提升执法效能
   生态环境主管部门应不断完善执法机制，提升执法效能。这包括加强执法队伍建设、提高执法人员素质、优化执法流程等。通过提升执法效能，可以更好地应对不配合调查等挑战，确保生态环境行政执法工作的顺利进行。

在具体操作中，还需根据实际情况灵活应对，确保执法活动的合法性和有效性。如果你有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。