在刑事案件中，若对专业文物评估机构的意见有异议，可以通过以下途径进行质疑和申辩：

1. 申请重新评估：

   • 法律依据：根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，当事人有权对鉴定意见提出异议，并可以申请重新鉴定。在文物评估领域，这意味着如果对专业文物评估机构的意见存在疑问，可以向办案机关提出重新评估的申请。
   • 操作建议：在申请重新评估时，应详细阐述对原评估意见的异议点，包括但不限于评估方法、评估依据、评估过程等方面的疑问，并提供相应的证据或理由支持重新评估的必要性。

2. 提出专家辅助人意见：

   • 法律依据：在刑事诉讼中，当事人可以聘请具有专门知识的人（即专家辅助人）出庭，就鉴定意见提出专业意见。这为当事人提供了另一种质疑评估意见的方式。
   • 操作建议：选择具有文物评估专业知识和经验的专家作为辅助人，准备详细的专家意见书，对原评估意见进行逐一反驳，并在庭审中出庭作证，以支持己方观点。

3. 利用庭审质证环节：

   • 法律依据：在刑事庭审中，鉴定意见需要经过质证才能作为定案的根据。当事人有权对鉴定意见进行质证，包括提出疑问、要求鉴定人出庭作证等。
   • 操作建议：在庭审前，仔细研究评估意见，准备质证提纲，明确质证的重点和方向。在庭审中，积极发言，对评估意见提出质疑，并要求鉴定人出庭解释和说明。

4. 申请鉴定人出庭：

   • 法律依据：根据《刑事诉讼法》的规定，经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为定案的根据。这为当事人提供了迫使鉴定人出庭解释评估意见的法律手段。
   • 操作建议：如果认为鉴定人的评估意见存在重大疑问，且鉴定人未出庭作证，可以向人民法院提出申请，要求鉴定人出庭。在申请中，应详细说明鉴定人出庭的必要性和理由。

在质疑和申辩过程中，需要注意以下几点：

• 及时性：对评估意见的异议应在法定期限内提出，以免错过申请重新评估或质证的机会。
• 证据支持：质疑和申辩应基于充分的证据和理由，避免无根据的猜测和指责。
• 专业性：由于文物评估涉及专业知识，质疑和申辩时应尽量借助专业人士的力量，如聘请专家辅助人或咨询相关领域的专家。

若质疑和申辩未获支持，可能面临的法律后果：

• 如果原评估意见被采纳，且没有其他有力证据反驳，该意见可能成为定案的根据，对当事人的权益产生不利影响。
• 如果质疑和申辩过程中存在违法行为或不当行为，如伪造证据、干扰证人作证等，当事人可能面临法律责任。

因此，在质疑和申辩过程中，应严格遵守法律规定和诉讼程序，确保自身行为的合法性和正当性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。