基坑和主体分别发包是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合法情况

1. 符合相关法律法规及合同约定：

   • 如果基坑工程和主体工程分别发包的行为符合《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规的规定，并且发包方与承包方之间签订的合同明确约定了这种发包方式，那么这种行为是合法的。
   • 例如，在某些大型工程项目中，由于基坑工程和主体工程的技术要求、施工难度等存在显著差异，发包方可能选择将两者分别发包给具有相应专业资质的承包方，以确保工程质量和进度。

2. 不违反强制性规定：

   • 发包行为不得违反法律法规的强制性规定，如不得将应当由一个承包方完成的建筑工程肢解成若干部分发包给几个承包方。如果基坑工程和主体工程分别发包不构成肢解发包，且符合其他强制性规定，那么这种行为是合法的。

二、不合法情况

1. 构成肢解发包：

   • 如果基坑工程和主体工程在技术上紧密相连，不可分割，且发包方将两者分别发包给不同的承包方，导致工程被肢解，那么这种行为可能违反《中华人民共和国建筑法》中关于禁止肢解发包的规定，因此是不合法的。
   • 肢解发包可能导致工程质量难以保证、施工进度难以协调、责任难以划分等问题，因此法律法规对此进行了严格限制。

2. 违反招标投标规定：

   • 如果基坑工程和主体工程分别发包的行为违反了招标投标法的相关规定，如未按照法定程序进行招标、投标，或者存在串通投标、弄虚作假等违法行为，那么这种行为也是不合法的。

三、法律建议

1. 审查合同条款：

   • 在进行基坑工程和主体工程分别发包时，发包方应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、合规，并明确双方的权利和义务。

2. 选择具有相应资质的承包方：

   • 发包方应选择具有相应专业资质和施工经验的承包方进行基坑工程和主体工程的施工，以确保工程质量和进度。

3. 遵守法律法规和强制性规定：

   • 发包方和承包方在进行基坑工程和主体工程分别发包时，应严格遵守相关法律法规和强制性规定，避免违法行为的发生。

4. 咨询专业律师：

   • 由于建筑工程领域的法律法规较为复杂，且涉及多方利益，因此在进行基坑工程和主体工程分别发包时，建议咨询专业律师的意见，以确保行为的合法性和合规性。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律建议。

总结来说，基坑和主体分别发包是否合法，需根据具体情况判断是否符合相关法律法规及合同约定、是否构成肢解发包、是否违反招标投标规定等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。