结论概述：提离职后不回复直接离职，工资是否会被扣除取决于具体情况。一般来说，如果员工按照法定程序提前通知了用人单位，用人单位不应无故扣除工资；但如果员工未按规定程序离职，给用人单位造成损失的，用人单位有权要求赔偿，并可能从工资中扣除相应部分。
详细分析：
法定离职程序：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工离职应当提前三十日以书面形式通知用人单位（在试用期内则需提前三日）。这是员工离职的法定程序，旨在保障用人单位有足够的时间进行工作交接和人员调整。
- 如果员工按照法定程序提前通知了用人单位，并完成了必要的工作交接，那么用人单位不应无故扣除员工的工资。
未按规定程序离职的后果：
- 如果员工未按照法定程序提前通知用人单位，或者未完成必要的工作交接就擅自离职，这可能会给用人单位造成损失。
- 在这种情况下，用人单位有权要求员工赔偿因其擅自离职所造成的损失。如果损失确实存在，并且用人单位能够提供充分的证据证明损失的大小，那么用人单位有权从员工的工资中扣除相应部分作为赔偿。
工资扣除的限制：
- 即使员工未按规定程序离职，用人单位在扣除工资时也必须遵守相关法律法规的规定。例如，扣除的工资不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 如果用人单位违反这些规定，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
法律建议：
- 提前沟通：在决定离职前，建议员工与用人单位进行充分沟通，明确离职的时间、方式以及工作交接等事宜。这有助于减少不必要的纠纷和损失。
- 遵守法定程序：员工应严格按照法定程序提前通知用人单位，并完成必要的工作交接。这是保障自己权益的重要步骤。
- 保留证据：在离职过程中，员工应保留好相关证据，如离职申请、工作交接记录等。这些证据在后续可能出现的纠纷中将成为重要的法律依据。
- 寻求法律帮助：如果员工在离职过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时向我咨询或寻求其他专业法律帮助。
可能后果举例：
- 如果员工未按规定程序离职，且给用人单位造成了实际损失（如项目延误、客户流失等），用人单位可能会从员工的工资中扣除相应部分作为赔偿。但扣除的金额必须合法合理，且不得违反相关法律法规的规定。
- 如果员工按照法定程序提前通知了用人单位，并完成了必要的工作交接，但用人单位仍然无故扣除工资，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资及可能的赔偿金。