公司给员工每月打卡发放5000元，剩余部分通过微信转账的方式发放，这种做法是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司发放的总工资不低于当地最低工资标准，且微信转账部分属于合法工资组成部分：

   • 在这种情况下，公司选择部分工资打卡发放，部分通过微信转账发放，并不直接违反法律规定。关键在于，公司需确保所有发放的工资（包括打卡和微信转账部分）均计入员工的工资总额，并依法进行个人所得税的代扣代缴。同时，公司应保留完整的工资发放记录，包括微信转账的凭证，以备劳动监察部门或税务部门的检查。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。只要公司发放的总工资不低于这一标准，且微信转账部分属于工资的合法组成部分，该做法即不违法。

2. 若公司试图通过微信转账方式规避法律义务，如逃避社保缴纳、个税代扣代缴等：

   • 在这种情况下，公司的做法是违法的。微信转账作为一种非正规的工资发放方式，如果被用于规避法律义务，如不将微信转账部分计入工资总额以逃避社保缴纳，或者不依法代扣代缴个人所得税，那么这种做法就违反了相关法律法规。
   • 法律后果：公司可能面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令补缴社保等。同时，如果公司未依法代扣代缴个人所得税，还可能面临税务部门的处罚。

3. 从员工权益保护的角度考虑：

   • 员工应要求公司明确工资构成，并保留好所有工资发放记录，包括打卡记录和微信转账凭证。这样，在发生劳动争议时，员工可以提供充分的证据来维护自己的合法权益。
   • 建议：如果员工对公司的工资发放方式有疑问或担忧，可以与公司进行沟通，要求公司提供详细的工资发放说明和记录。如果公司拒绝提供或解释不清，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

总结与建议：公司选择部分工资打卡发放、部分通过微信转账发放的做法，其合法性取决于工资总额是否不低于当地最低工资标准，以及微信转账部分是否属于合法工资组成部分，并且公司是否依法履行了相关法律义务。为了保护自己的合法权益，员工应要求公司明确工资构成并保留好所有工资发放记录。如果对公司工资发放方式有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。