针对您提出的“工程建设未用农民工专户发放工资怎么办”的问题，这是一个涉及法律法规及农民工权益保障的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律背景与规定
首先，需要明确的是，根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，施工总承包单位有义务开设农民工工资专用账户，并专项用于支付该工程建设项目的农民工工资。这一制度设计旨在确保农民工工资的按时足额支付，维护其合法权益。
二、未使用专户发放工资的法律后果
行政处罚：
- 若施工总承包单位未按规定使用农民工专户发放工资，将面临由人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门的责令限期改正。
- 逾期不改正的，项目将被责令停工，并处以5万元以上10万元以下的罚款。
- 情节严重的，还可能受到限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等更严厉的处罚。
民事纠纷与索赔：
- 未通过专户发放工资可能导致农民工工资被挪用、截留，从而引发农民工与施工总承包单位之间的纠纷。
- 这不仅会影响施工单位的正常生产经营，还可能增加其经济负担和法律风险。
三、对农民工的影响
工资支付缺乏保障：
- 农民工专户具有专款专用、资金监管等特点，未使用专户发放工资将增加农民工的经济风险。
维权困难：
- 若工资发放未通过专户，工资支付的证据可能不清晰，给农民工维权带来困难。
四、应对措施与整改建议
立即整改：
- 一旦发现未使用农民工专户发放工资，施工总承包单位应立即停止违规行为，开设专户并补发未通过专户发放的工资。
规范工资支付流程：
- 建立健全农民工工资支付管理制度，明确支付流程、标准和时间，确保工资支付的合法性和规范性。
- 加强内部监督和检查，及时发现并纠正问题。
妥善处理纠纷：
- 对于已发生的工资纠纷，施工总承包单位应积极与农民工协商解决。
- 协商不成时，应引导农民工通过合法途径解决，如申请仲裁或提起诉讼。
加强内部管理和制度建设：
- 完善内部管理制度，加强对财务和人事部门的监督，防止违规操作导致的工资发放问题。
配合监管部门：
- 积极配合劳动保障行政部门的监管和检查，如实提供相关资料，接受审查和指导。
- 认真执行整改意见，确保问题得到彻底解决。
建立长效机制：
- 加强法律法规宣传和教育，提高施工总承包单位的法律意识。
- 建立健全投诉举报机制，鼓励农民工及时反映问题，确保问题得到及时解决。
五、案例警示
以江苏省苏州市吴江区某施工总承包单位为例，因未使用农民工工资专用账户发放工资，被责令限期整改。逾期未整改后，项目停工并被处以5万元罚款。这一案例警示我们，未使用农民工工资专用账户的严重后果不容忽视。
综上所述，施工总承包单位必须严格遵守《保障农民工工资支付条例》，通过农民工专户发放工资，以保障农民工的合法权益，避免不必要的法律风险和经济损失。如果您或您所在的单位遇到此类问题，请务必及时采取措施进行整改，并积极配合相关部门的监管和检查。