结论前置：在逾期后协商还本金却被扣除多余钱款的情况下，您有权要求返还多余部分，这主要基于《中华人民共和国民法典》中关于不当得利的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
不当得利原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第九百八十五条：“得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。” 在您的情况下，如果协商仅还本金，但被额外扣除了费用，且这部分费用没有法律上的依据（如合同约定、法律规定等），则构成不当得利，您有权要求返还。
合同自由与公平原则：
- 双方协商还款时，应基于平等、自愿、公平的原则进行。如果协商过程中存在欺诈、胁迫或显失公平的情况，导致您被额外扣款，您也可以依据相关法律规定，主张撤销或变更该协商结果，要求返还多余扣款。
二、实际操作建议
收集证据：
- 首先，您需要收集所有与还款协商相关的证据，包括协商记录、还款凭证、扣款通知等，以证明您仅同意还本金，且实际被扣除了多余费用。
与对方沟通：
- 在收集到足够证据后，您可以尝试与对方进行沟通，说明情况，并要求返还多余扣款。如果对方同意，则问题得到解决；如果对方拒绝，您可以考虑采取法律手段。
寻求法律帮助：
- 如果沟通无果，您可以向我这样的专业律师咨询，了解具体的法律程序和维权策略。根据实际情况，我们可以帮助您起草法律文书，向法院提起诉讼，要求对方返还多余扣款。
三、可能面临的法律后果
如果对方构成不当得利：
- 法院可能会判决对方返还您多余扣款的金额，并可能要求对方支付一定的利息或赔偿金，以补偿您因对方不当行为而遭受的损失。
如果协商过程中存在欺诈、胁迫等情形：
- 法院可能会判决撤销或变更该协商结果，要求对方按照实际协商的内容（即仅还本金）执行，并返还多余扣款。同时，如果对方的欺诈、胁迫行为构成犯罪，还可能面临刑事责任。
总结与建议：在逾期后协商还本金却被扣除多余钱款的情况下，您有权要求返还多余部分。为了维护自己的合法权益，建议您先收集相关证据，与对方进行沟通；如果沟通无果，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决问题。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。