结论：在协议中约定了仲裁条款后，一般情况下当事人应通过仲裁解决争议，而不能直接向法院起诉。但在特定情形下，如仲裁条款无效、双方放弃仲裁协议或仲裁裁决被撤销或不予执行时，当事人可以向法院提起诉讼。

一、仲裁条款的效力与原则

仲裁条款是双方当事人自愿将他们之间可能发生或者已经发生的争议提交仲裁解决的书面协议，具有法律效力。根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，一旦双方达成了有效的仲裁协议，就应当受其约束，将争议提交给约定的仲裁机构进行仲裁。这体现了当事人的意思自治原则，并排除了法院的管辖权。仲裁实行一裁终局制度，即仲裁裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。

二、仲裁条款无效或被撤销的情形

在以下情况下，仲裁条款可能无效或被撤销，此时当事人可以向法院起诉：

1. 仲裁事项超出法定范围：如涉及婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷以及依法应当由行政机关处理的行政争议等不能仲裁的事项。
2. 无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立：例如，未成年人或精神病人在未得到法定代理人追认的情况下订立的仲裁协议。
3. 胁迫手段订立：如果一方通过威胁、强迫等非法手段使对方签订仲裁协议。
4. 仲裁协议未明确约定仲裁机构或仲裁事项：如只是笼统地说“提交仲裁解决”，但没有具体指明是哪个仲裁机构，且双方事后也无法就仲裁机构达成一致意见。
5. 其他法定可撤销情形：根据《仲裁法》的相关规定，当事人提出证据证明仲裁协议存在其他法定可撤销情形的，可以向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销仲裁协议。

三、放弃仲裁协议权利的情形

当一方当事人向人民法院起诉时未声明存在仲裁协议，且另一方在首次开庭前未对人民法院受理该案提出异议的，视为放弃仲裁协议权利，人民法院有权继续审理。这种情况下，即使原本存在有效的仲裁协议，也因一方的放弃而失去了其排他性效力。

四、实际操作建议

1. 明确约定仲裁事项和仲裁委员会：在签订仲裁协议时，双方应明确约定仲裁事项和选定的仲裁委员会，以确保仲裁协议的有效性。
2. 严格遵守仲裁协议：发生争议时，双方应严格按照仲裁协议的约定提交仲裁解决争议。
3. 及时提出异议：若一方违反仲裁协议向法院起诉，另一方应及时提出异议并主张仲裁协议的效力。
4. 保留相关证据：在仲裁或诉讼过程中，保留好与争议相关的所有证据和材料，以便在必要时证明自己的主张或应对对方的反驳。

五、特殊情况下的法律后果

• 仲裁条款无效：如果仲裁条款被认定无效，那么当事人之间的争议将不受仲裁条款的约束，可以向法院提起诉讼。
• 放弃仲裁协议：如果一方放弃仲裁协议并选择向法院起诉，且另一方未在首次开庭前提出异议，那么法院将取得管辖权并继续审理案件。
• 仲裁裁决被撤销或不予执行：如果仲裁裁决被法院依法撤销或裁定不予执行，那么当事人可以就该争议向法院提起诉讼。

总结：在协议中约定了仲裁条款后，当事人一般应通过仲裁解决争议。但在特定情形下，如仲裁条款无效、双方放弃仲裁协议或仲裁裁决被撤销或不予执行时，当事人可以向法院提起诉讼。因此，在实际操作中，当事人应当根据具体情况灵活应对，确保自身权益得到有效维护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。