核心结论：工程质保金期限届满后施工方不申请返还的，建设单位可主动处理质保金，但需注意程序合法性及证据留存；若双方对质保金返还存在争议，则需通过协商、诉讼或仲裁解决。以下从不同角度展开分析：

一、建设单位主动处理质保金的合法性及程序

1. 法律依据
   根据《建设工程质量保证金管理办法》第九条，缺陷责任期届满后，承包人向发包人申请返还质保金的，发包人应于14日内会同承包人按照合同约定进行核实。若承包人未申请，法律并未禁止发包人主动返还，但需满足以下条件：

   • 质保期已届满且无质量问题（或已修复）；
     
   • 返还程序符合合同约定（如通知义务、验收流程等）；
     
   • 留存书面证据（如通知记录、验收报告等）。

2. 操作建议

   • 书面通知施工方：明确质保期届满时间、无质量问题的事实，并要求其限期提交返还申请；
     
   • 自行组织验收：若施工方未响应，可联合监理单位对工程进行复查，形成书面验收报告；
     
   • 直接返还或提存：在证据充分的情况下，可将质保金返还至施工方账户，或通过公证提存方式终止质保金义务。

二、双方对质保金返还存在争议的解决路径

1. 协商解决

   • 争议焦点：可能包括质保期计算错误、质量问题责任归属、返还金额争议等；
     
   • 操作要点：建议通过书面函件明确争议点，并附证据材料（如施工合同、验收记录、维修记录等），避免口头协商无据可查。

2. 诉讼或仲裁

   • 管辖依据：若合同约定仲裁条款，则向约定仲裁机构申请仲裁；未约定的，可向工程所在地法院起诉；
     
   • 举证责任：
     
     • 建设单位需证明质保期已届满、无质量问题（或已扣除维修费用）；
       
     • 施工方需证明质保金返还条件已成就（如已提交申请、质量问题非己方责任等）。
       
   • 风险提示：若建设单位擅自扣留质保金且无合法依据，可能面临支付逾期利息及赔偿损失的风险。

三、建设单位的风险防范措施

1. 合同条款完善

   • 明确质保期起算时间（如竣工验收合格之日）、返还条件（如无质量问题或已修复）及程序（如申请期限、验收流程）；
     
   • 约定逾期申请的后果（如视为放弃权利、建设单位有权自行处理等）。

2. 过程管理留痕

   • 质保期内定期检查工程，留存检查记录；
     
   • 发现质量问题时，及时通知施工方修复，并留存通知及维修记录；
     
   • 质保期届满前，书面提醒施工方提交返还申请。

总结：施工方未申请返还质保金时，建设单位可主动处理，但需确保程序合法、证据充分；若存在争议，应优先协商，协商不成则通过诉讼或仲裁解决。建议建设单位在合同履行过程中加强管理，避免因程序瑕疵导致法律风险。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。