针对您提出的“公司申请工伤已经三个月了还没认定怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《工伤保险条例》的相关规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病的，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这里的30日是自然日，包含周末和节假日。
现在，您提到公司已经申请工伤三个月了但还没认定，这可能存在以下几种情况：
申请材料不齐全或存在争议：
- 如果公司在提交工伤认定申请时，材料不齐全或者存在争议，社会保险行政部门可能会要求公司补充材料或者进行进一步的调查核实。这可能会导致认定时间延长。
- 建议：您可以与公司沟通，了解申请材料是否齐全，以及是否存在需要补充或澄清的情况。如果公司表示已经提交了所有必要材料，但认定仍未完成，您可以要求公司向社会保险行政部门查询具体原因。
社会保险行政部门处理时间较长：
- 有时候，由于社会保险行政部门的工作量大或者流程复杂，工伤认定的处理时间可能会相对较长。
- 建议：您可以向公司了解社会保险行政部门给出的预计处理时间，并耐心等待。如果超过了预计时间仍未得到认定结果，您可以与公司一起向社会保险行政部门咨询进展情况。
公司未在规定时间内申请，但已自行处理：
- 虽然您提到公司已经申请工伤，但理论上如果公司未在30日内提出申请，且未申请延长时限，那么在此期间发生的工伤待遇等费用应由公司自行负担。不过，既然公司已经提出了申请，我们可以假设它是在规定时间内或已申请延长时限后提出的。
- 但需注意：如果公司确实未在规定时间内提出申请，且未申请延长时限，您或您的近亲属、工会组织有权在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
考虑直接向社会保险行政部门申请：
- 如果公司长时间未得到工伤认定结果，且您认为公司可能未在规定时间内提出申请或存在其他问题，您可以考虑直接向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 建议：在提出申请前，请确保您已经收集了所有必要的证据和材料，如事故报告、医疗证明、工作合同等。
总结建议：
- 首先与公司沟通，了解工伤认定申请的进展情况和具体原因。
- 如果公司表示已经提交了所有必要材料但认定仍未完成，要求公司向社会保险行政部门查询具体原因。
- 如果公司长时间未得到认定结果，且您认为存在公司未在规定时间内提出申请或其他问题，考虑直接向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 在整个过程中，保持与公司的良好沟通，并保留好所有相关证据和材料。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。