以环境整治为名行商业开发之实，对国有土地上农贸市场房屋进行征收，这种行为是否合法，需要分情况讨论：
若征收行为确实以环境整治为主要目的，且符合相关法律法规：
- 在这种情况下，征收行为本身是合法的。环境整治作为公共利益的一部分，是政府进行土地征收的合法依据之一。但关键在于，征收行为必须严格按照法定程序进行，包括但不限于发布征收公告、进行征收补偿协商、签订征收补偿协议等。
- 同时，征收补偿应当公平、合理，确保被征收人的合法权益不受侵害。如果征收行为符合这些条件，那么即使后续有商业开发计划，也不影响征收行为的合法性。
若征收行为名义上为环境整治，实则为商业开发，且未遵循法定程序：
- 在这种情况下，征收行为可能是违法的。政府以环境整治为名进行土地征收，但实际目的是为了商业开发，这可能构成对公共利益的滥用。
- 此外，如果征收行为未遵循法定程序，如未发布征收公告、未进行征收补偿协商等，也违反了相关法律法规，损害了被征收人的合法权益。
- 被征收人可以通过法律途径维护自己的权益，包括提起行政诉讼或申请行政复议等。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，政府进行土地征收必须基于公共利益的需要，并严格按照法定程序进行。同时，征收补偿应当公平、合理，确保被征收人的合法权益不受侵害。
- 建议：
- 对于被征收人而言，如果怀疑征收行为的合法性，可以要求政府出示相关的征收文件、规划许可等证明材料，以核实征收行为的真实目的和合法性。
- 如果发现征收行为存在违法行为或损害了自己的合法权益，可以及时向相关部门投诉或提起法律诉讼，以维护自己的权益。
- 在整个过程中，建议被征收人保留好相关证据，如征收公告、补偿协议、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
可能法律后果：
- 如果征收行为被认定为违法，政府可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿被征收人的损失、撤销征收决定等。
- 对于参与违法征收行为的相关人员，也可能面临行政处罚或刑事责任等法律后果。
综上所述，以环境整治为名行商业开发之实对国有土地上农贸市场房屋进行征收是否合法，取决于征收行为的真实目的和是否遵循法定程序。如果你面临类似情况，有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况为你提供更详细的法律建议。