员工自己开三轮车撞到石头的赔偿问题，需根据具体情况判断责任归属，进而确定赔偿方式。具体分析如下：
若员工是在执行工作任务过程中发生事故：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。虽然此条款直接规定的是对他人损害的赔偿，但类比到员工自身受损的情况，若用人单位存在过错（如未提供安全的工作环境、未进行必要的安全培训等），用人单位可能需承担相应责任。
- 若员工自身存在重大过失（如超速行驶、未注意路况等），则可能减轻用人单位的责任。此时，赔偿可能通过工伤保险（如果用人单位为员工购买了工伤保险）来部分或全部承担，不足部分可能由用人单位和员工根据过错程度分担。
若员工是在非工作时间、非执行工作任务过程中发生事故：
- 这种情况下，事故责任主要由员工个人承担。如果员工自己购买了相关的意外伤害保险，可以根据保险合同向保险公司申请赔偿。
- 如果三轮车属于员工个人所有，且事故是由于车辆本身的问题（如刹车失灵等）导致，员工还可以考虑向车辆制造商或销售商追究产品责任，但这需要证明车辆存在缺陷且该缺陷与事故有直接因果关系。
特殊情况考虑：
- 如果事故发生在上下班途中，且符合《工伤保险条例》中关于“上下班途中”受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应认定为工伤的规定，员工可以申请工伤认定，并享受工伤保险待遇。但此情况需严格符合“非本人主要责任”的条件，且需有交通管理部门的责任认定书。
- 如果员工与用人单位之间存在关于此类事故的特别约定（如劳动合同中明确规定了非工作时间事故的处理方式），则应按照约定执行。
建议行动：
- 员工应首先收集并保存所有与事故相关的证据，包括现场照片、医疗记录、交通管理部门的责任认定书（如有）等。
- 根据事故发生的具体情况，咨询专业律师或劳动保障部门，以明确责任归属和赔偿途径。
- 如果涉及工伤保险，应及时向用人单位报告，并按照规定的程序申请工伤认定和享受相关待遇。
如有更多细节或疑问，欢迎直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。