结论：机动车自动扣款是否违法需分情况讨论，若未经授权或存在违规操作则可能违法，可通过协商、投诉或诉讼解决；若合法合规则无需处理。以下是具体分析：

1. 未经授权的自动扣款可能违法
   若机动车相关费用（如停车费、违章罚款、保险费等）的自动扣款未经车主明确授权（如未签署代扣协议、未在APP或系统中开通自动支付功能），则可能涉嫌违法。根据《民法典》第111条及《消费者权益保护法》第29条，经营者未经消费者同意，不得擅自收集、使用其个人信息或进行扣款。
   处理方式：

   • 立即联系扣款方（如停车场管理方、保险公司、交管部门等），要求停止扣款并退还已扣款项；
     
   • 若对方拒绝，可向当地消费者协会（12315）或银保监会（针对保险扣款）投诉；
     
   • 保留扣款记录、授权协议（如有）等证据，必要时通过诉讼主张权利。

2. 合法授权后的自动扣款一般不违法
   若车主通过书面、电子签名或线上操作（如勾选“同意自动扣款”）明确授权扣款，且扣款金额、频率与协议一致，则属于合法行为。例如：

   • 购买车险时签署代扣协议；
     
   • 绑定ETC卡并同意高速通行费自动扣款；
     
   • 停车时通过APP确认自动支付规则。
     处理方式：
     
   • 无需特殊处理，但需定期核对扣款记录，确保无异常；
     
   • 若需取消授权，可通过扣款方提供的渠道（如APP、客服）操作，或解除绑定支付方式。

3. 扣款方违规操作（如多扣、错扣）
   即使存在授权，若扣款方因系统故障、人为失误导致多扣、错扣费用，仍可能构成违约或侵权。例如：

   • 停车费按小时计费却按天扣款；
     
   • 违章罚款已缴纳仍被重复扣款。
     处理方式：
     
   • 第一时间联系扣款方核对账单，要求更正并退还多扣款项；
     
   • 若对方拖延，可向当地市场监管部门或行业主管部门（如交通局）投诉；
     
   • 保留证据（如扣款记录、沟通记录），必要时通过法律途径索赔。

建议：

• 定期检查银行账户或支付平台的扣款记录，及时发现异常；
  
• 签署代扣协议前仔细阅读条款，明确扣款范围、期限及取消方式；
  
• 遇到纠纷时优先通过协商、投诉解决，效率较高；若涉及金额较大或对方态度恶劣，可委托律师介入。
  

如有具体案例或证据，可进一步向我描述，我会帮你分析法律风险及应对策略。