核心结论：款项逾期被扣款是否违法需分情况讨论，关键看合同约定和扣款依据的合法性。若扣款无合法依据，可通过协商、投诉或诉讼维权。

1. 合法扣款：基于合同约定或法定情形

• 合同约定：若双方签订的合同中明确约定了逾期付款的违约金、滞纳金或利息计算方式，且该条款不违反法律强制性规定（如利率未超过LPR的4倍），则扣款行为合法。
  示例：借款合同约定逾期每日按未还金额的0.05%支付违约金，符合法律规定。
• 法定情形：根据《民法典》或行业规定，某些情况下可依法扣款（如银行信用卡逾期罚息、水电费滞纳金等）。

2. 违法扣款：无合法依据或超出合理范围

• 无合同约定：若合同未约定逾期扣款，或扣款条款被认定为“格式条款无效”（如未提示对方注意、显失公平），则扣款行为违法。
  示例：商家单方面规定“逾期付款每日扣5%”，可能因过高被认定无效。
• 超出法定限额：若扣款金额远高于实际损失（如违约金超过损失的30%），可能被法院调整或认定无效。
• 非法扣款方式：如未经允许直接从他人账户划款、扣押财物等，可能涉嫌侵权或违法。

3. 如何处理违法扣款？

• 协商解决：首先与对方沟通，要求退还违法扣款并说明理由（如合同无效、金额过高）。
• 投诉举报：向消费者协会、行业监管部门（如银保监会、市场监管局）投诉，提供合同、扣款记录等证据。
• 诉讼维权：若协商、投诉无果，可向法院起诉，要求返还违法扣款并赔偿损失。需准备证据：合同、扣款通知、沟通记录等。

4. 预防建议

• 签订合同时，仔细审查逾期条款，避免模糊或过高扣款约定。
• 保留付款凭证、沟通记录，及时核对账单，防止被“误扣”。
• 若遇违法扣款，第一时间固定证据并咨询法律意见。

提示：具体案件需结合合同内容、扣款方式、行业规定等综合判断。若有疑问，可直接向我提供细节，我会进一步分析。