当工伤发生地和公司注册地不一致时，您不必过于担心，因为根据相关法律法规，工伤认定并不完全依赖于公司的注册地。以下是我为您详细解答这一问题：
首先，我们要明确的是，工伤认定主要关注的是事故发生的时间、地点以及是否与工作相关。根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。这一规定并没有限定工伤认定必须在公司注册地进行。
在实际操作中，如果工伤发生地与公司注册地不一致，通常会根据以下原则来确定工伤认定的地点：
生产经营地原则：如果职工在公司的生产经营地发生工伤事故，那么该生产经营地所在的劳动行政部门通常具有工伤认定的管辖权。这是因为生产经营地是职工实际提供劳动的场所，与工伤事故的发生有直接关联。
保护劳动者权益原则：在处理工伤认定案件时，劳动行政部门会倾向于保护劳动者的合法权益。因此，即使公司注册地与工伤发生地不一致，只要事故发生在职工的工作时间和工作场所内，且与工作相关，劳动行政部门通常会依法进行工伤认定。
以您提供的案例为例，明某在潍坊某建筑公司位于高密市的建筑工地上发生工伤事故。虽然该建筑公司的注册地在潍坊市峡山区，但高密市作为事故发生地和生产经菅地，其人力资源和社会保障局具有对该案的工伤认定管辖权。因此，高密市人力资源和社会保障局作出的工伤认定决定是合法有效的。
此外，如果公司未在注册地为职工参加工伤保险，根据人力资源社会保障部《关于执行<工伤保险条例>若干问题的意见》(二)的相关规定，职工应当在生产经营地进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按照生产经营地的规定依法由用人单位支付工伤保险待遇。
综上所述，当工伤发生地和公司注册地不一致时，您应首先向事故发生地的劳动行政部门提出工伤认定申请。如果公司对此有异议或拒绝支付工伤保险待遇，您可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。希望这些解答能对您有所帮助。