结论：营业执照注销后企业还在营业，一般情况下不能直接确定存在劳动关系，但需根据具体情况分析。关键在于判断企业是否仍具备合法用工主体资格以及劳动者是否实际提供了劳动。以下从不同角度详细分析：
一、营业执照注销的法律后果
法人资格终止：营业执照注销意味着企业作为法人的主体资格已经终止，不再具备合法经营和用工的资格。这是确认劳动关系是否存在的基础前提。
劳动合同终止：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十四条的规定，用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的，劳动合同终止。虽然此处提及的是“吊销营业执照”，但注销营业执照的法律后果更为彻底，同样适用于劳动合同终止的情形。
二、劳动关系确认的特殊情况
实际用工事实：尽管营业执照已注销，但如果企业仍在实际经营，且劳动者仍在为企业提供劳动，那么从实际用工的角度来看，双方之间可能仍存在事实劳动关系。然而，这种关系的确认需要劳动者提供充分的证据，如工作证、工资支付记录、考勤记录等，以证明其确实为企业提供了劳动。
清算期间的用工：如果企业正在进行清算，且清算组安排了部分职工参与清算工作，那么这部分职工与清算组之间可能形成新的劳动关系。但这种情况较为特殊，且需要清算组具备合法的用工主体资格。
承继主体的情况：如果企业注销后，其业务、资产等被其他主体承继，且承继主体继续使用原企业的劳动者，那么承继主体与劳动者之间可能形成新的劳动关系。但这也需要承继主体具备合法的用工主体资格，并且双方之间有明确的用工合意。
三、劳动关系确认的实践难点
证据收集困难：由于营业执照已注销，企业可能不再保留相关的用工记录，导致劳动者在证明劳动关系时面临困难。因此，劳动者应尽可能收集并保存与用工相关的证据，如工作证、工资支付记录、考勤记录、同事证言等。
责任承担主体不明确：在企业注销的情况下，确定责任承担主体是维护劳动者权益的关键。如果企业是依法进行清算并注销的，且清算报告中对员工权益等事项有妥善处理安排，那么应按照清算方案执行。但若清算存在瑕疵或未进行清算，劳动者可能需要通过法律途径追究相关责任人的责任。
四、法律建议
及时收集证据：如果你作为劳动者，发现企业营业执照已注销但仍在营业，应尽快收集与用工相关的证据，以备不时之需。
咨询法律专业人士：由于这种情况涉及复杂的法律关系和证据收集问题，建议你咨询专业的法律人士，如我——许彬律师，以获取更具体的法律指导和支持。
通过法律途径维护权益：如果与企业就劳动关系的确认无法达成一致意见，你可以通过劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
总结：营业执照注销后企业还在营业，一般情况下不能直接确定存在劳动关系。但如果你能提供充分的证据证明你确实为企业提供了劳动，并且企业具备合法的用工主体资格（如清算组或承继主体），那么你可能仍然有权确认劳动关系并维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。