将与局工会签订的协议上的章改成机关的章，这一行为在法律上是不被允许的，且可能带来一系列法律后果。以下从几个角度进行详细分析：
合同效力问题：
- 合同的效力主要取决于合同双方的真实意思表示以及合同内容的合法性。如果协议原本是与局工会签订的，那么合同上的印章应当是局工会的章，这代表了局工会的真实意思表示。
- 若擅自将协议上的章改为机关的章，这实际上是对合同内容的篡改，可能构成对合同真实性的破坏。根据《民法典》的相关规定，篡改合同内容可能导致合同无效或者部分无效，具体取决于篡改的内容和程度。
法律责任问题：
- 擅自更改合同印章可能涉及伪造、变造公文、证件、印章等违法行为。根据《刑法》的相关规定，伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，可能面临刑事处罚。
- 即使不构成刑事犯罪，这种行为也可能违反《治安管理处罚法》，面临行政处罚，如罚款、拘留等。
实际操作中的风险：
- 在实际操作中，如果机关发现协议上的印章被擅自更改，可能会拒绝承认该协议的有效性，导致合同无法履行或者产生纠纷。
- 此外，这种行为还可能损害机关或工会的声誉和信誉，对未来的合作和业务发展产生不利影响。
建议：
- 如果确实需要更改协议上的印章或者对协议内容进行修改，应当通过合法、正当的途径进行。例如，可以与局工会协商一致后，重新签订一份新的协议，并确保新协议上的印章是真实、有效的。
- 如果对协议内容或者印章的使用有疑问或者需要进一步的法律指导，建议直接咨询专业律师，以确保自己的权益得到合法、有效的保护。
总之，擅自更改与局工会签订的协议上的章为机关的章是不被法律允许的，且可能带来严重的法律后果。在处理类似问题时，应当谨慎行事，遵守法律法规，确保自己的行为合法、合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。