一般情况下，医院被罚款直接罚员工是不合法的，但存在特定情形时可能合法，以下分情况说明：
- 医院因自身整体违规被罚，无权直接罚员工
- 从法律关系角度，医院作为一个独立的法人主体，应当对其自身的违法行为承担法律责任。例如医院因未按照规定进行医疗废物处理，被卫生行政部门处以罚款，这是针对医院整体的管理和运营违规行为进行的处罚，罚款对象应该是医院这个法人主体，而不是医院的员工。
- 医院与员工之间是劳动合同关系，医院并非行政机关，不具有行政处罚权。根据《行政处罚法》的规定，行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。所以医院不能以行政处罚的名义对员工进行罚款。
- 特定情形下医院可依据内部规章制度对员工进行合理扣减薪酬等处理，但不等同于罚款
- 如果员工的行为违反了医院依法制定的内部规章制度，并且该规章制度经过了民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），同时向员工进行了公示或者告知，那么医院可以根据规章制度的规定对员工进行一定的处理。
- 但这种处理通常是合理扣减薪酬、警告、记过等，与行政处罚中的罚款性质不同。例如员工严重违反医院的考勤制度，经常旷工，医院可以根据规章制度扣减其相应的绩效工资等，这是医院基于劳动合同关系和内部管理需要对员工进行的合理约束，而不是行政意义上的罚款。
- 员工因个人违法行为导致医院被罚，医院可向员工追偿
- 如果员工的违法行为直接导致了医院被罚款，给医院造成了经济损失，医院在承担了行政处罚的罚款后，可以根据实际情况向有过错的员工进行追偿。
- 例如医院的财务人员因为个人的贪污、挪用公款等违法行为，导致医院被税务机关罚款，医院在缴纳了罚款后，可以要求该财务人员承担相应的赔偿责任。不过医院需要提供充分的证据证明员工的违法行为与医院被罚款以及遭受的经济损失之间存在直接的因果关系。