结论：食物中吃出头发，商家与厂家各赔付1000元是否合理，需根据具体情况判断。若该情况被认定为不符合食品安全标准且对消费者造成实际损害，则消费者的主张是合理的；若未影响食品安全或未造成实质性损害，则赔偿1000元的请求可能不被支持，但消费者仍有权要求商家承担其他违约责任。
一、适用《食品安全法》的情况
法律依据：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》第一百四十八条第二款，生产不符合食品安全标准的食品或者经营明知是不符合食品安全标准的食品，消费者除要求赔偿损失外，还可以向生产者或者经营者要求支付价款十倍或者损失三倍的赔偿金；增加赔偿的金额不足一千元的，为一千元。
适用条件：
- 若食品中出现头发被认定为不符合食品安全标准（例如，头发可能携带污染物，对食品安全产生影响），消费者有权要求商家退款，并主张价款十倍或损失三倍的赔偿金。若计算出的赔偿金额低于1000元，则按1000元赔偿。在此情况下，商家与厂家各赔付1000元可能是合理的，但具体还需看消费者的实际损失和购买食品的价款。
赔偿计算：
- 假设消费者购买的食品价款为100元，因吃出头发导致身体不适产生医疗费用200元，且因请假休息产生误工费300元，则消费者的实际损失为500元。根据《食品安全法》，消费者可要求商家支付价款十倍（即1000元）或损失三倍（即1500元）的赔偿金。由于增加赔偿的金额超过1000元，因此消费者可要求商家支付1500元赔偿金（或选择价款十倍的1000元，但通常消费者会选择更高的赔偿）。若商家与厂家各承担一半责任，则各赔付750元（或根据实际情况协商各赔付1000元，但总额不应超过消费者应得的赔偿金额）。然而，若仅从“增加赔偿的金额不足一千元的，为一千元”这一条款出发，且未考虑实际损失的三倍赔偿，商家与厂家各赔付1000元（总额2000元）可能超出了消费者应得的赔偿范围，除非消费者的实际损失（包括价款和直接损失）的三倍超过2000元。
二、不适用《食品安全法》但适用《民法典》的情况
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》关于合同违约的相关规定，消费者购买食品与商家形成买卖合同关系，商家提供的食品中有头发属于履行合同义务不符合约定。
适用条件：
- 若头发的出现并未影响食品本身的安全，也不会对消费者造成误导，则无法依据《食品安全法》要求1000元赔偿。但在这种情况下，消费者仍有权要求商家承担违约责任，如退款、换货等。
赔偿建议：
- 在此情况下，商家与厂家各赔付1000元显然不合理，因为消费者的实际损失可能远低于此金额。消费者应要求商家根据实际情况进行赔偿，如退款、换货或赔偿因处理此事产生的合理费用（如交通费、通讯费等）。
三、实际操作建议
保留证据：
- 消费者在发现食品中有头发时，应立即拍照或录像留作证据，并保存好购物凭证（如发票、收据等）。
及时沟通：
- 第一时间与商家取得联系，说明情况并提出合理的赔偿要求。若商家拒绝赔偿或协商无果，可要求商家出具书面拒绝赔偿的说明，以便后续维权。
依法维权：
- 若商家拒绝赔偿或协商无法达成一致，消费者可依法向相关部门投诉（如市场监督管理部门、消费者协会等）或向法院提起诉讼。在维权过程中，消费者应提供充分的证据证明头发是在食品中吃出的，并说明自己的实际损失和赔偿要求。
四、特殊情况考虑
- 若商家与厂家在赔偿问题上存在争议或推诿责任，消费者可要求两者共同承担赔偿责任。根据《食品安全法》的规定，接到消费者赔偿要求的生产经营者应当实行首负责任制，先行赔付，不得推诿。属于生产者责任的，经营者赔偿后有权向生产者追偿；属于经营者责任的，生产者赔偿后有权向经营者追偿。
综上所述，食物中吃出头发时商家与厂家各赔付1000元是否合理需根据具体情况判断。消费者应根据实际情况选择合适的维权途径，并依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。