核心结论：在这种情况下，一般需按协商好的金额进行赔偿，但具体处理方式要结合协商时是否通知保险公司、保险合同条款等因素综合判断，以下是详细分析。
- 从协商协议的效力角度
- 如果双方在法院协商确定赔款金额时，已经形成了合法有效的调解协议或者和解协议，并且该协议是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫、重大误解等法定可撤销或无效的情形，那么这份协议对双方都具有法律约束力。
- 即使保险公司赔的钱比协商金额高，双方也应当按照协商好的金额进行赔偿和接受赔偿。因为协商结果是双方基于自身权益的权衡和处分达成的，一旦确定就应遵守。例如，用人单位和工伤职工在法院主持下达成协议，约定用人单位向工伤职工支付一定金额的赔偿，这个金额是双方综合考虑各种因素后确定的，双方都应按照协议履行。
- 从保险合同及保险公司参与情况角度
- 若协商时未通知保险公司：保险公司在不知情的情况下按照保险合同约定进行了赔付，且赔付金额高于协商金额。此时，如果保险合同中没有特别约定，用人单位不能因为保险公司多赔了就减少自己应承担的协商赔偿金额。因为用人单位与工伤职工之间的协商赔偿是基于双方的民事关系，而保险公司与用人单位之间的保险合同关系是另一法律关系。不过，用人单位可能会面临保险公司追偿多赔部分的风险，这取决于保险合同的具体条款和保险法的相关规定。
- 若协商时通知了保险公司且保险公司参与协商：保险公司同意按照协商金额进行赔付，但实际赔付时多赔了。这种情况下，保险公司多赔的部分可能构成不当得利。根据法律规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。所以，用人单位或工伤职工可能需要将多收的部分返还给保险公司，除非保险公司明确表示放弃该部分权益。
- 从实际操作和风险防范角度
- 对于工伤职工来说，如果发现保险公司赔的钱比协商金额高，不要擅自处理多出的部分，应及时与用人单位和保险公司沟通，明确多出款项的处理方式，避免后续产生纠纷。
- 对于用人单位而言，要保留好与工伤职工的协商协议以及与保险公司沟通的相关证据，以便在出现争议时能够证明自己的权益和责任。如果保险公司要求返还多赔部分，用人单位应积极配合处理，同时也可以根据保险合同的约定，与保险公司协商合理的解决方案。
建议：如果遇到这种情况比较困惑，不清楚如何处理，可以继续向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的法律建议和解决方案。