当您在申请执行时发现公司已被注销，这确实是一个需要细致处理的问题。以下是我为您整理的详细解答，希望能帮助您理清思路，采取合适的措施来保障自己的权益。

一、核实公司注销情况

首先，您需要通过国家企业信用信息公示系统或当地工商行政管理部门，核实公司的注销状态及注销原因。了解公司是自愿解散、被吊销营业执照还是其他原因导致的注销，并获取公司的注销证明文件，以确认注销的具体时间和程序是否合法合规。

二、分析法律责任主体

根据相关法律规定，企业法人解散的，依法清算并注销前，以该企业法人为当事人；未依法清算即被注销的，则以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。因此，您需要区分以下两种情况：

1. 公司经过合法清算程序注销：

   • 如果公司在注销前已经过合法的清算程序，且没有遗留债务或已妥善处理所有债务，那么原则上公司不再承担法律责任。
   • 但若清算过程中存在遗漏债务或欺诈行为，您仍有可能追究相关责任人的法律责任。

2. 公司未经合法清算程序注销：

   • 在这种情况下，公司的股东、发起人或者出资人可能需要承担连带责任。
   • 您可以将这些个人或实体作为被告提起诉讼，要求他们承担原公司的债务。

三、采取相应措施

1. 申请追加被执行人：

   • 在执行阶段，如果您发现股东或其他相关责任人存在应当承担责任的情形，可以向执行法院申请追加他们为被执行人，并要求其承担清偿责任。

2. 提起诉讼：

   • 如果无法通过追加被执行人的方式解决问题，或者存在其他复杂的法律纠纷，您可以另行提起诉讼。
   • 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明自己的主张，包括与被执行公司的交易合同、欠款凭证、催款记录等，以及公司注销的相关证明文件。

四、关注后续事宜与风险防范

1. 税务处理与印章销毁：

   • 即使公司已经注销，您仍需关注其税务处理情况，确保所有税款已结清。
   • 同时，应妥善销毁公司印章，以避免被他人滥用。

2. 档案保存与法律风险防范：

   • 保存好与公司相关的所有档案资料，以备不时之需。
   • 密切关注可能的法律风险，并采取必要的防范措施来保护自己的合法权益。

五、寻求专业帮助

由于此类案件涉及复杂的法律问题，我建议您咨询专业律师的意见和帮助。律师可以根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议，帮助您更好地维护自己的权益。

总之，当发现执行对象公司已被注销时，您应全面核实注销情况与合法性，评估法律影响，并采取相应措施追究相关责任人的责任或通过法律途径寻求救济。同时，关注后续事宜与风险防范工作也是至关重要的。希望这些建议能对您有所帮助。