学生将诽谤他人的内容记入档案属于违法行为，需根据情节严重程度承担民事、行政甚至刑事责任，同时档案记录需依法撤销或修正。具体处理方式需结合诽谤行为的性质、后果及档案类型综合判断，以下是详细分析：

一、诽谤行为的法律定性

1. 民事侵权责任
   根据《民法典》第1024条，诽谤他人属于侵犯名誉权的行为，被侵权人有权要求侵权人停止侵害、恢复名誉、赔礼道歉，并可主张精神损害赔偿。若学生将诽谤内容写入档案（如学生档案、社团档案等），导致他人社会评价降低，需承担民事赔偿责任。

2. 行政处罚风险
   若诽谤行为通过公开方式传播（如网络、公告栏等），且达到“情节较重”标准（如造成被害人精神失常、自杀等严重后果），根据《治安管理处罚法》第42条，可处5-10日拘留，并处500元以下罚款。

3. 刑事责任边界
   若诽谤行为符合《刑法》第246条“诽谤罪”构成要件（如捏造事实诽谤他人、情节严重），可处3年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利。但需注意：刑事立案需被害人自行向法院起诉（除非严重危害社会秩序和国家利益）。

二、档案记录的合法性审查

1. 档案内容必须真实客观
   根据《档案法》第14条，档案记录需“真实、准确、完整”。若学生擅自将诽谤内容写入档案，属于违法行为，档案管理部门有权要求修正或撤销。

2. 不同档案的处理方式

   • 学生档案：由学校管理，若发现不实记录，可向学校学生处或档案室提出书面异议，要求核查并修正。
     
   • 社团/组织档案：向该组织负责人或上级主管部门反映，要求删除违法内容。
     
   • 已提交至第三方机构（如用人单位、留学机构）的档案：需同时向接收方和原档案管理单位提出异议，必要时通过法律途径主张权利。

三、具体处理步骤

1. 固定证据
   保存诽谤内容的原始载体（如聊天记录、书面材料、档案复印件等），记录传播范围（如知晓人数、传播途径）。

2. 协商解决
   优先与涉事学生沟通，要求其书面道歉并配合修正档案；若对方拒绝，可向学校、社团或档案管理部门投诉。

3. 行政投诉或诉讼

   • 若涉及行政处罚，向公安机关报案；
     
   • 若需民事赔偿，直接向法院起诉；
     
   • 若档案记录违法，可申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销或修正。

四、特殊情形提示

• 未成年人保护：若涉事学生为未成年人，根据《未成年人保护法》，需优先通过学校、家庭或社区调解，避免过度公开处理。
  
• 网络诽谤：若诽谤内容通过网络传播，可依据《网络安全法》要求平台删除信息，并保留追究平台连带责任的权利。

建议：立即联系档案管理单位核查记录内容，同步收集证据并评估后果严重性。若需进一步法律指导，可直接向我咨询具体操作流程。