纪委通过司法程序追缴的违规贷款，一般会根据贷款的性质、来源、用途以及相关法律法规的规定，依法进行没收、上缴国库或返还给合法权利人等处理。具体来说，可以从以下几个角度进行分析：

1. 贷款性质与来源：

   • 如果违规贷款属于贪污、受贿、挪用公款等违法犯罪所得，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，这些款项应当依法予以追缴，并上缴国库。
   • 如果贷款是通过欺诈、伪造文件等非法手段获取的，同样需要依法追缴，并根据具体情况决定是上缴国库还是返还给受骗的合法权利人。

2. 司法程序的处理：

   • 纪委在调查过程中，如果发现违规贷款，会将其移送至司法机关（如检察院、法院）进行进一步处理。
   • 司法机关会根据证据和法律规定，对违规贷款进行追缴，并可能对相关责任人提起公诉或进行行政处罚。

3. 追缴后的处理方式：

   • 上缴国库：对于属于违法犯罪所得的违规贷款，追缴后一般会直接上缴国库，作为国家财政收入的一部分。
   • 返还合法权利人：如果违规贷款是通过非法手段从合法权利人处获取的，追缴后应当返还给原权利人。
   • 其他处理方式：在某些特殊情况下，如贷款用于公益事业或特定项目，且相关责任人已受到法律制裁，追缴的贷款可能会根据法律规定或法院判决进行其他处理。

4. 相关法律法规的依据：

   • 主要依据包括《中华人民共和国刑法》中关于贪污、受贿、挪用公款等犯罪的规定，以及《中华人民共和国刑事诉讼法》中关于追缴违法所得的程序规定。
   • 此外，还可能涉及《中华人民共和国民法典》中关于返还财产、赔偿损失等民事责任的规定。

在实际操作中，纪委和司法机关会严格按照法律法规的规定，对违规贷款进行追缴和处理。如果涉及复杂的法律问题或争议，可能会需要进一步的法律程序或专家鉴定来明确处理方式。

如果您在违规贷款追缴方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。