纪委在调查过程中若发现涉案房屋存在未结清贷款，通常会根据房屋性质、贷款状态及案件性质采取分类处理措施，具体如下：

1. 若房屋属于涉案财产（如赃款购置、受贿所得等）

纪委可能先通过查封、冻结等措施限制房屋处置权，防止财产转移。此时贷款问题需分情况处理：

• 贷款正常偿还：若涉案人员或其家属继续按期还款，房屋产权暂不受影响，但纪委会持续监控资金流向，防止通过还款掩盖其他违法所得。
  
• 贷款断供：银行可能依据合同启动拍卖程序，但纪委可协调法院或银行暂缓执行，优先保障案件调查需要。若房屋最终被没收，贷款余额可能由涉案人员财产清偿，或通过拍卖款优先偿还银行。
  

2. 若房屋属于合法财产但涉案人员被采取强制措施

例如涉案人员被留置或逮捕，导致无法继续还款：

• 家属代偿：若家属愿意且有能力继续还款，房屋产权可保留，但纪委会要求家属说明资金来源，防止通过合法财产转移赃款。
  
• 银行处置：若无人还款，银行可能申请拍卖房屋。此时纪委会要求法院或银行在处置过程中配合调查，例如优先偿还贷款后，剩余款项纳入涉案财产处理。
  

3. 若房屋涉及利益输送或洗钱

例如通过虚假贷款掩盖资金来源：

• 穿透审查：纪委会联合银行、税务等部门调查贷款真实性，若发现贷款资金实际来自违法所得，可能将贷款合同认定为无效，房屋直接认定为涉案财产。
  
• 追缴违法所得：即使房屋已抵押，纪委仍可要求涉案人员用其他财产偿还贷款，或通过拍卖款优先弥补国家损失。
  

关键法律依据

• 《中华人民共和国监察法》第二十三条：监察机关可查封、扣押涉案财产，包括不动产。
  
• 《中华人民共和国刑法》第六十四条：犯罪分子违法所得应追缴或责令退赔，对被害人的合法财产应及时返还。
  
• 《商业银行法》第三十五条：银行需配合司法机关对涉案账户的查询、冻结、扣划。
  

建议：若您或家属涉及此类情况，需尽快梳理房屋产权、贷款合同及资金来源证据，主动向纪委说明情况，避免因被动应对导致财产进一步损失。如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询。