针对您提出的“农田抛荒后改造建鱼塘已经40年了怎么办”的问题，以下是我的详细解答：

1. 法律性质分析：

   • 首先，需要明确的是，农田，特别是永久基本农田，是受到国家严格保护的耕地资源，其用途不得随意改变。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，任何单位和个人不得擅自占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。
   • 您提到的情况是农田抛荒后改造建鱼塘，且已经持续了40年。这涉及到土地用途的改变以及长期占用的问题，需要从法律角度进行细致分析。

2. 历史遗留问题的处理：

   • 考虑到该行为已经持续了40年，这很可能涉及到历史遗留问题。在处理此类问题时，需要综合考虑当时的法律法规、政策环境以及实际情况。
   • 如果当时的相关法律法规或政策对农田改造建鱼塘有明确规定或允许，且您或您的前辈在改造时遵循了相关规定，那么可能存在一定的合法性基础。但即便如此，随着法律法规的完善和政策的变化，现在也可能需要面临调整或整改。

3. 当前法律框架下的处理建议：

   • 协商与沟通：首先，建议您与当地土地管理部门或相关政府部门进行沟通，了解当前的政策和法律法规要求，以及您的情况是否符合相关规定。
   • 申请合法化：如果您的鱼塘建设确实符合当时的法律法规或政策，且现在仍然希望继续经营，可以尝试向相关部门申请合法化手续，如补办用地手续、缴纳相关费用等。但需要注意的是，这并不意味着所有历史遗留问题都能得到合法化处理，具体还需根据当地政策和实际情况来判断。
   • 整改与恢复：如果您的鱼塘建设不符合当前的法律法规或政策要求，或者无法申请到合法化手续，那么可能需要面临整改或恢复原状的要求。在这种情况下，建议您积极配合政府部门的整改要求，尽快恢复农田用途，以避免可能的法律责任和损失。

4. 法律后果与风险：

   • 如果未经批准擅自改变农田用途，可能会面临土地管理部门的处罚，包括罚款、责令恢复原状等。
   • 在极端情况下，如果行为构成犯罪（如非法占用农用地罪），还可能面临刑事责任。但考虑到您的情况已经持续了40年，且可能涉及历史遗留问题，这种极端情况的可能性相对较小。

5. 进一步行动建议：

   • 收集证据：在处理此类问题时，收集相关证据是非常重要的。您可以尝试收集当时的改造合同、用地手续、政策文件等，以证明您的行为有一定的合法性基础。
   • 咨询专业人士：由于土地问题涉及复杂的法律法规和政策环境，建议您咨询专业的土地律师或相关机构，以获取更具体、更专业的法律建议。

总结来说，针对您的情况，我建议您首先与当地土地管理部门或相关政府部门进行沟通，了解当前的政策和法律法规要求。然后，根据沟通结果和实际情况，考虑申请合法化手续、整改或恢复原状等处理方式。在整个过程中，务必保持谨慎和合规，以避免可能的法律责任和损失。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。