结论：仅从“一平方5元”这一收费标准本身，无法直接判断是否合法，需结合当地具体政策、收费依据及程序合法性综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 收费标准的合法性需以地方政策为依据

• 农村房屋产权登记（如宅基地使用权及房屋所有权确权登记）的收费标准，通常由省级或市级物价部门、财政部门联合制定，并报国家发改委备案。例如，部分地区可能规定“宅基地使用权及房屋所有权登记费按每宗收取，而非按面积”，或明确“按面积收费的，需符合特定标准”。
• 若当地政策明确允许按面积收费，且5元/平方米的标准未超过省级文件规定的上限，则合法；反之，若政策未授权按面积收费，或实际收费高于规定标准，则可能涉嫌违规。

2. 收费项目需有明确法律依据

• 根据《不动产登记暂行条例》及实施细则，不动产登记机构可收取“不动产登记费”，但需严格限定在法定范围内。例如，宅基地使用权及房屋所有权登记通常属于“首次登记”或“变更登记”范畴，收费项目需与登记类型匹配。
• 若“一平方5元”是地方额外增设的收费项目（如“测绘费”“工本费”等），且未通过合法程序公示或报批，则可能涉嫌乱收费，即使金额较低也可能违法。

3. 程序合法性是关键

• 即使收费标准本身合法，若未履行法定程序（如未在办事大厅公示收费依据、未出具正规票据、未通过政府定价目录等），仍可能构成违规。例如，部分地区要求收费前需经村民代表大会同意，或需在政府官网公开收费标准。
• 若村民在办理产权时未被明确告知收费依据，或收费后未收到正规票据，可向当地物价部门或纪检监察机关举报。

4. 特殊情形下的例外

• 部分地区对农村集体土地上的房屋登记实行“零收费”或“减免政策”，尤其是对贫困户、低保户等群体。若当地有此类政策，而村民仍被收取费用，则明显违法。
• 若房屋属于历史遗留问题（如无合法建房手续），部分地区可能要求先补办手续再登记，此时收费可能涉及“行政处罚”或“补缴费用”，需区分性质。

建议行动：

1. 核实当地政策：通过当地自然资源局（原国土局）官网或办事大厅，查询宅基地及房屋登记的收费依据及标准；
2. 要求出具票据：办理产权时，务必要求工作人员提供加盖公章的收费票据，并注明收费项目及依据；
3. 投诉举报：若发现收费违规，可向当地12345热线、物价部门或纪委监委反映，并提供收费凭证作为证据。

如有进一步疑问（如当地政策查询、投诉流程等），可直接向我咨询，我会结合您所在省份的具体规定详细解答。