立案再撤案是否会有案底，主要取决于案件的性质、撤案的阶段以及撤案的具体原因。一般来说，若因没有犯罪事实或依法不追究刑事责任而撤案，则不会留下案底；但若已构成犯罪但因特定原因（如情节轻微）而撤案，或检察院作出酌定不起诉决定，则可能会留下相关记录。以下是对这一问题的详细分析：
一、不构成犯罪的撤案
侦查阶段撤案：
- 在侦查过程中，若公安机关或其他侦查机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，如案件属于误会、所谓的“犯罪行为”实际并未发生，或犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大且不认为是犯罪，应当撤销案件。
- 此情况下，因未认定犯罪嫌疑人构成犯罪，故不会留下案底。例如，若甲报案称乙盗窃其财物，但警方调查后发现是误拿且及时归还，此时撤案，乙不会留下案底。
审查起诉阶段撤案：
- 检察机关在审查起诉时，若发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限等），应作出不起诉决定。
- 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院也可作出不起诉决定。
- 这两种不起诉决定均意味着犯罪嫌疑人不会被交付审判，因此不会有犯罪记录，即不会留下案底。但需注意，若是检察院作出的酌定不起诉决定，其不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录。
二、构成犯罪但特殊情况撤案
- 在某些特定的自诉案件中，若被害人与被告人达成和解协议，被害人主动撤回起诉，且犯罪事实确实存在，只是基于被害人的意愿而撤案，严格来说行为人的行为依然构成犯罪。
- 但由于没有经过法院的有罪判决，从通常所理解的“案底”（即犯罪记录）角度，可能不会在官方的犯罪记录档案中留下记录。然而，司法机关处理案件过程中形成的相关材料可能会有留存。
三、存在特殊记录的情况
- 即使案件撤案没有犯罪记录，但在案件办理过程中，若发现有相关的行政违法行为并给予了行政处罚（如罚款、行政拘留等），则会留下行政处罚的记录。
- 这种记录虽不同于犯罪案底，但也属于一种不良记录，可能对个人的未来产生一定影响。例如，在求职或申请某些特定职位时，行政处罚记录可能会成为考虑因素。
四、注意事项
证据不足导致的撤案：
- 如果撤案是因为证据不足等原因，后续如果发现新的证据，可能会重新立案侦查。但这并不改变之前撤案时不留案底的事实。
公安机关的事件记录：
- 虽然撤案不会留下案底，但在公安机关处可能会有相应的事件记录。这种记录通常不会对个人产生实质性的影响，因为它并不等同于犯罪记录。
有罪判决与撤案的区别：
- 需要强调的是，如果案件经过侦查、起诉、审判等程序，最终法院作出了有罪判决，那么当事人就会有案底。这与撤案是完全不同的法律后果。
综上所述，立案再撤案是否会有案底，需根据具体情况来判断。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。