部队侵占公共资源进行违章建筑的处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 法律定性层面
   根据《中华人民共和国民法典》第286条及《中华人民共和国军事设施保护法》相关规定，部队作为国家机关法人，其土地使用权需严格限定于军事用途。若未经法定程序（如《城乡规划法》第40条规定的建设工程规划许可）占用公共资源（如市政道路、绿地、公共设施用地等）进行建设，该行为可能同时构成行政违法与民事侵权。
   

• 行政违法性：违反《土地管理法》第77条（非法占地）及《城乡规划法》第64条（未取得规划许可建设），自然资源主管部门或城乡规划部门可依法责令限期拆除、没收实物或违法所得，并处罚款。
  
• 民事侵权性：若占用公共资源导致周边居民或单位通行权、采光权等受损，受害方可依据《民法典》第236条（排除妨害请求权）提起民事诉讼，要求停止侵害、恢复原状或赔偿损失。

1. 处理程序层面
   

• 行政查处优先：根据《军事设施保护法》第42条，地方自然资源、城乡规划部门发现部队涉嫌违法建设的，应先通过军地协调机制（如省级军地联席会议）与部队后勤部门沟通，核实土地权属及建设审批情况。若确认无合法手续，由地方部门依法作出行政处罚决定，部队需配合执行。
  
• 强制执行程序：若部队拒不履行拆除义务，地方部门可依据《行政强制法》第53条向人民法院申请强制执行。需注意，根据《行政诉讼法》第96条，法院对涉及国家安全的特殊主体（如部队）执行时，可能需协调军事机关配合，但法律并未赋予部队豁免强制执行的特权。
  
• 刑事责任追究：若建设行为涉及伪造公文、骗取审批等情节，可能触犯《刑法》第280条（伪造国家机关公文罪）或第342条（非法占用农用地罪），需移送司法机关处理。

1. 特殊情形处理
   

• 历史遗留问题：若违章建筑形成于《城乡规划法》实施前（2008年1月1日前），且符合当时政策（如“军产房”临时建设），可依据《行政处罚法》第36条“从旧兼从轻”原则，由军地双方协商补办手续或逐步腾退。
  
• 战备需要例外：根据《军事设施保护法》第19条，因战备训练等紧急需要临时占用公共资源的，部队需在任务结束后30日内恢复原状，并报地方主管部门备案。若未及时恢复，仍需承担行政责任。

建议行动步骤：

1. 收集证据：固定违章建筑的位置、面积、建设时间等事实（如卫星影像、现场照片、规划图纸）；
   
2. 联合举报：向地方自然资源局、城乡规划局提交书面举报材料，并抄送同级军事机关后勤部门；
   
3. 申请信息公开：要求部队公开涉事土地的权属证明及建设审批文件；
   
4. 法律救济：若行政处理未果，可依法提起行政诉讼或民事侵权诉讼。
   

如需进一步分析具体案情（如土地性质、建设规模等），可提供详细信息后为您定制解决方案。