法人代还员工借款在法律上是允许的，但具体是否合法需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法人代还借款的合法性基础
法人行为能力：法人作为具有民事权利能力和民事行为能力的组织，可以独立进行民事活动，包括代为偿还债务。只要法人的行为符合其章程和法律规定，且没有损害公司、股东或债权人的利益，其代还借款的行为就是合法的。
债务承担原则：在民间借贷关系中，债务的承担通常遵循“谁借款，谁偿还”的原则。但如果法人自愿代为偿还员工借款，且该行为不违反法律法规的强制性规定，也不损害第三方利益，那么这种代还行为是有效的。
二、法人代还借款的具体情形
法人以公司财产代还：
- 如果法人以公司财产代为偿还员工借款，这实际上构成了公司对员工的债务承担。在这种情况下，需要确保公司有足够的财产来承担这笔债务，且该行为符合公司章程和法律规定。
- 潜在风险：如果法人未经股东会或董事会同意，擅自以公司财产代为偿还员工借款，可能构成对公司财产的滥用，损害股东利益，甚至可能面临法律责任。
法人以个人财产代还：
- 法人也可以选择以个人财产代为偿还员工借款。这种情况下，代还行为属于法人的个人行为，与公司无关。
- 注意事项：法人以个人财产代还借款时，应确保该行为不会损害公司利益，且不会违反法律法规的强制性规定。同时，法人应保留好相关证据，以证明该行为是其个人行为，而非公司行为。
三、法人代还借款的法律后果
对法人个人的影响：
- 如果法人以个人财产代还借款，且该行为合法合规，那么法人个人不会因此承担法律责任。但如果法人代还行为违反了法律法规或公司章程的规定，可能面临法律责任或内部纪律处分。
对公司的影响：
- 如果法人以公司财产代还借款，且该行为未经合法程序批准，可能构成对公司财产的滥用，损害股东利益。公司有权要求法人赔偿损失，并可能对其采取内部纪律处分或法律诉讼等措施。
- 如果法人代还行为符合公司章程和法律规定，且公司有足够的财产来承担这笔债务，那么该行为不会对公司产生负面影响。
四、建议与注意事项
- 明确代还意愿与条件：在法人决定代还员工借款前，应明确代还的意愿、条件、方式等，并尽可能与员工签订书面协议，以明确双方的权利义务。
- 遵守法律法规与公司章程：法人在代还借款时，应严格遵守法律法规和公司章程的规定，确保代还行为的合法性和合规性。
- 保留相关证据：无论法人以个人财产还是公司财产代还借款，都应保留好相关证据，如转账记录、收据、协议等，以证明代还行为的发生和金额等。
总结来说，法人代还员工借款在法律上是允许的，但具体是否合法需根据实际情况判断。如果你或你所在的公司面临类似问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。