关于合作开发技术合同的登记问题，这通常是由特定的技术合同登记机构来负责的。以下是对这一问题的详细解答：

一、技术合同登记机构

根据《技术合同认定登记管理办法》及相关规定，省、自治区、直辖市和计划单列市的科学技术行政部门及其设立的技术合同登记机构，是负责技术合同认定登记的主要机构。这些机构会对申请认定登记的合同文本进行技术上的核查，以确认其是否符合技术合同的要求。

二、合作开发技术合同的登记

1. 登记主体：合作开发技术合同的双方（即合作开发的各方）或其中一方，在合同签订并生效后，可以向所在地的技术合同登记机构申请认定登记。

2. 登记流程：

   • 准备材料：包括合同原件、相关附件（如技术方案、项目费用清单等），以及根据登记机构要求可能需要的其它证明材料。
   • 在线申报：许多地区已经实现了技术合同认定登记的在线办理，如广东省的“广东省科技业务管理阳光政务平台”。申报单位或项目负责人需在平台上注册、填写申请书、上传合同及相关附件。
   • 审核批复：技术合同登记机构会对提交的材料进行审核，一级认定登记机构批复通过后，会出具技术合同认定登记证明。

3. 登记地点：

   • 通常按照属地原则，选择卖方（或合作开发方中负责主要技术输出的一方）注册所在地市的科技行政部门及其认可的登记机构进行登记。
   • 对于省直单位或特定类型的合同（如涉及专利权转让、专利申请权转让或专利实施许可的合同），可能需要到特定的登记机构进行登记，如国家知识产权局专利局的相关代办处。

三、注意事项

1. 合同要求：申请认定登记的技术合同必须依照《中华人民共和国民法典》订立，并已签约生效。合同文本应主体清楚、标的明确、条款完整。

2. 优惠政策：经过认定登记的技术合同，如符合相关条件，可能享受职称评审、所得税、增值税减免及奖励等优惠政策。

3. 电子证照：许多地区已经启用了技术合同认定登记证明的电子证照系统，电子证照与纸质证明具有同等效力。

四、具体案例（以广东省为例）

在广东省，技术合同认定登记业务统一在“广东省科技业务管理阳光政务平台”办理。申报单位需注册并完善单位信息和技术合同登记设置，按属地原则选择技术合同认定登记机构。项目负责人填写申请书并上传合同原件及相关附件后，由登记机构进行审核批复。

综上所述，合作开发技术合同的登记是由省、自治区、直辖市和计划单列市的科学技术行政部门及其设立的技术合同登记机构负责的。双方或其中一方在合同签订并生效后，应按照属地原则选择合适的登记机构进行申请认定登记。