结论：对公账户还法人的款是否会被查，取决于多种因素，包括款项的性质、金额大小、还款的合理性以及是否存在其他可疑情况等。在一般情况下，如果还款行为合法合规，且能够提供充分的证据证明其合理性，那么被查的可能性相对较小。但如果存在违规操作或可疑情况，则可能会受到相关部门的调查。
详细分析：
款项性质与还款合理性：
- 如果对公账户向法人还款是基于合法的借贷关系，且能够提供借款合同、还款计划、转账记录等充分证据，证明还款行为的合理性和合法性，那么这种还款行为通常是合规的，被查的可能性较小。
- 如果还款行为缺乏合理的商业背景或法律依据，例如没有明确的借款合同或还款计划，或者还款金额与公司的经营状况不符，那么这种还款行为可能会引起相关部门的注意，并可能受到调查。
金额大小与资金流动情况：
- 还款金额的大小也是影响是否会被查的重要因素。如果还款金额较小，且符合公司的正常经营和财务状况，那么被查的可能性相对较低。
- 如果还款金额较大，或者频繁进行大额还款，且无法合理解释资金来源和用途，那么这种还款行为可能会被视为可疑交易，从而受到相关部门的调查。
税务合规性：
- 还款行为是否涉及税务问题也是需要考虑的因素。如果还款行为涉及利息支付等税务事项，且公司能够按照税法规定进行申报和缴纳税款，那么这种还款行为通常是合规的。
- 如果公司未按照税法规定进行税务申报和缴纳，或者存在偷税漏税等违法行为，那么这种还款行为可能会受到税务部门的调查和处理。
其他可疑情况：
- 除了上述因素外，如果还款行为与其他可疑情况相关联，例如涉及洗钱、非法集资等违法行为，那么这种还款行为肯定会受到相关部门的严厉调查和处理。
法律建议：
- 为了确保对公账户向法人还款的合规性，公司应建立健全的财务管理制度，明确借款和还款的流程和要求，并保留充分的证据以证明还款行为的合理性和合法性。
- 公司应定期进行财务审计和税务申报，确保财务和税务事项的合规性，避免因违规操作而引发不必要的法律风险。
- 如果公司面临相关部门的调查或询问，应积极配合并提供相关证据和资料，以证明还款行为的合规性。
后续行动建议：
- 如果您对对公账户向法人还款的合规性存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师或财务顾问，以获取更具体的法律建议和指导。
- 您也可以对公司内部的财务管理和税务申报情况进行自查，确保各项操作的合规性，降低法律风险。
如有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会尽力为您提供专业、全面的解答。